13 ~ 14世紀，是第壹個幕府時代，稱為鐮倉時代(1192-1333)，之後是室町時代(1338-1573)。在這兩個時代，從中國傳入的禪宗盛行，講究空靈悟性，灑脫，所以這些學校的建築也是樸實無華，與平安時期的阿彌陀佛堂大相徑庭。
16世紀中葉，戰國結束，全國統壹。到16世紀末，開始了壹個短暫的陶山時期(1573-1614)。桃山時期和江戶後期(1615-1867)，日本政治穩定，市場經濟發展，城市繁榮。這壹時期佛教建築又出現了壹個高潮，修建了壹些大型寺廟，如重建的奈良東大寺大佛殿(金殿)(1696-1708)，七間(56.438+0m)，高44.24m。但此時世俗文化已經取代佛教成為主要的文化潮流，世俗建築的重要性也取代了佛教建築。因此，佛教建築失去了作為建築文化代表的地位。寺廟本身的類型和風格也進壹步世俗化了。17世紀中葉，小檗屬佛教宗派來自中國南方，沿襲了中國南方的建築風格。翼角非常傾斜，屋頂中央用火焰圓球裝飾，兩端用吻裝飾，前檐常開圓孔窗。典型的例子有京都的萬福寺和長崎的崇福寺。
盡管本土化了，日本的佛教建築基本都是中國式的，但是日本的世俗建築也逐漸發展出了自己的風格，和中國有很大的不同。世俗建築，主要是住宅，服務於日常生活，與日常生活密切相關。他們既要在可能的條件下滿足生活需要，又要從總體上考慮節儉。因此，與宗教建築相比，它們不是壹成不變的，而是可以及時變化的，這使它們更加方便實用，它們充滿了日常家居的溫暖氛圍。
日本古代和中世紀的宅邸主要有四種類型。壹個是8-11世紀上層貴族豪宅的“睡宮”。壹個是16-17世紀武士府的“書院樓”。這兩種類型之間有壹個過渡體系，叫做“正殿建築”。17世紀後，壹種“算賬房”的書院建築應運而生。之後，這將是壹個現代的微風房子。
寢殿建得像平庭的鳳凰殿，中國建築的影響顯而易見。它們的獨特之處在於整體布局沒有采用內院的形式。中央有壹座主樓叫睡廳，兩側有兩翼叫東對和西對，中間連接的遊廊叫過廳。再復雜壹點，在廂房前延伸出壹個叫中央走廊的遊廊，連接池塘岸邊的亭子、漁堂或泉堂。中央走廊中間有四足門，稱為東中門和西中門，是主要的門戶。睡廳有對稱軸但不嚴謹，左邊或右邊可多可少。