(二)研究方法單壹，學科視角狹窄，靜態有待改進。
首先，目前在對民族自治地方行政活動的研究中，學者們多從單壹學科的角度進行研究，學科間交流不夠，研究視角過於狹窄。而且，他們偏向於傳統的規範研究和法律制度描述，更多的人談論“應該是什麽”而不是“應該是什麽”，更多的是靜態分析，更少的是動態和政治過程操作分析。導致大量研究成果相互補充、相互支持，表現為解決較復雜問題的方法和手段相對簡單，影響了成果的概括和抽象，表現為理論創新能力不夠，理論解釋力不強，甚至出現低水平重復。民族自治地方行政管理學科無疑是壹門新興的交叉學科。其研究內容、研究方法和視角需要吸收其他學科的研究成果，與其他學科進行充分的交流與碰撞，促進學科間的交流與溝通，充分發揮各學科的優勢，享受資源，避免以往研究視角和方法單壹、研究資料有限的局限，從而推動民族自治地方行政管理研究的深入發展。
其次，目前的研究更多的是從宏觀的、自上而下的角度，缺乏微觀的、自下而上的視角。客觀地說，在行政活動過程中，政府處於主導地位，社會及其民眾處於從屬地位。學者的研究視角自然是自上而下的宏觀視角，而不是自下而上的微觀視角。然而，類似的研究成果難以有效解釋民族自治地方行政活動中存在的諸多問題，也難以為國家管理少數民族地區提供有效的政策依據。
當前，民族自治地方特別是邊境少數民族地區的穩定有序發展，少數民族權益的保障已經成為中國重要的政治和社會問題。由於國際國內環境的巨大變化，民族自治地方存在的問題日益復雜，其復雜程度超過了以往任何時空。因此，從中央政府、上級政府(相對於民族自治地方政府)、政府(相對於社會和人民)和正式制度規範(相對於非正式制度)等單壹視角來分析如此復雜的問題，顯然是不夠的。
(三)民族自治地方行政管理研究迫切需要實證和定量方法的支持。
目前，在民族自治地方行政管理的現有研究成果中，學者們主要運用傳統的規範研究方法對民族自治地方的管理活動進行定性研究和靜態研究，研究視角多為國家宏觀層面政策和制度的描述性研究，微觀層面的實證研究和動態研究相對薄弱。特別是在現有的民族自治法律框架下，民族自治地方的行政管理實踐越來越深入到民族自治地方生活的細微之處。例如，民族區域自治地方自然資源和文化資源的開發，生態環境和少數民族生活方式的保護，城市化和工業化進程中的民族區域自治和少數民族文化，少數民族社會固有的社會組織規範和國家法律的實施等。而且不同級別的民族自治地方政府呈現出越來越多樣的管理經驗和管理模式，需要總結和歸納。因此，在今後的研究中，可以嘗試在壹些與少數民族生活密切相關、過去的研究中沒有涉及或涉及很少的領域做壹些實證研究。比如民族自治地方自然資源和文化資源的開發；保護少數民族的生態環境和生活方式；城市化和工業化進程中少數民族文化的傳承與發展：在少數民族社會固有的社會組織規範與國家法律的沖突與融合中，可以做出壹些有益的嘗試。此外，它還總結和概括了由於地方政府之間的競爭及其對人民的回應而導致的各種民族自治地方政府日益多樣化的管理經驗和管理模式，為民族自治地方政府的行政實踐提供了豐富的經驗材料。
(四)非正式制度在民族自治地方行政管理中的作用有待探索。
“習慣規則”更多地體現了非正式制度的作用。在以往對民族自治地方行政管理的研究中，學術界更多地關註正式制度，有意無意地忽略了非正式制度的作用。因此，在研究成果中，我們看到更多的是對民族自治地方組織結構的優化、政府職能的完善、公共財政體系的完善等方面的研究，更多地關註正式制度的因素，而對民族自治地方特殊的意識形態、風俗習慣、宗教等非正式制度因素關註不夠。
在民族自治地方行政管理研究中，如果挖掘出非正式規則，很多正式制度無法解釋的現象都可以得到解釋。只有正式制度與非正式制度相兼容，民族自治地方行政制度的效率才能得以實現。通過研究非正式制度在民族自治地方行政活動過程中的影響和作用，可以確定哪些可以轉化為社會發展的和諧因素，哪些需要我們進行改革和完善，進而建立壹套與民族自治地方行政制度相匹配的非正式制度，促進民族區域自治制度的高效運行，實現制度的預期目標。
(五)民族自治地方行政管理的憲政困境需要成為研究的核心問題。
可以預見，民族自治地方的民族和諧將成為中國和平崛起的重要問題。但是，在處理這些問題的過程中，實踐證明，要長期保持民族自治地方民族關系的和諧穩定，僅僅依靠嚴厲的懲罰或優惠政策是不夠的。在這方面，中央的意圖再好，政策再理性，如果沒有良好的制度保障，執行過程也會走樣。因此，在民族自治地方的行政管理活動中，如何履行憲法和法律賦予的這壹職能，成為考驗民族自治地方政府能力和效率的重大課題。在以往的研究中，我們有意無意地采取了回避矛盾的固定思維模式，只談成績，不談問題，只談宏觀，不談微觀，甚至把這個領域當成了禁區。無論在理論上還是在實踐中，壹味地以中央的決策為唯壹標準，導致學術研究退化為對中央決策和政策的解釋和註解，無法為中央決策提供科學的理論指導，導致理論抽象和概括不足，創新不足，解釋力不強。中國的民族自治地方是在壹元政治框架內建立的，處理中央與地方的關系成為民族自治地方行政管理活動中的壹個關鍵問題。在以往的研究中，我們從中央政府的角度來研究兩者的關系，而很少從民族自治地方的角度來研究，更少從憲政的角度來研究，只是把憲法作為處理關系的前提，而不是把憲法本身作為關系的本來內容，從而導致了這個問題。