(壹)交通部直屬水路運輸(服務)企業由交通部和財政部確定；
(二)其他水路運輸(服務)企業、單位和個人由各省(自治區、直轄市)交通運輸廳(局)確定；個別省份由於水運資源較差，確需超過經營(業務)收入2%的，須經交通、財政兩部門批準。第五條專業水路運輸(服務)企業的運輸管理費，由交通運輸主管管理部門按月(或按季、按年)征收；對設在外省的水路運輸(服務)企業，運輸管理費由當地運輸管理部門征收，但運輸管理主管部門設在當地的除外。
其他從事水路運輸(服務)的企業、單位和個人，由當地運輸管理部門按月(或季、年)征收運輸管理費。
固定在外省從事半年以上運輸的船舶的運輸管理費，由主管運輸管理部門(或船舶註冊地)收取，然後分給從事運輸地區的運輸管理部門。具體比例由雙方協商確定。第六條運管部門在收取運輸管理費的同時，應當向繳費單位或者個人開具水路運輸管理費繳費憑證(見附件1)。以及同期單船水路運輸管理費的有效繳費憑證(見附件二)。任何單位不得重復征收有效的運輸管理費繳款憑證和繳款書。運輸管理費繳款憑證的印制應套印財務專用章。第七條運輸管理費的使用範圍是:
(壹)航運管理人員的工資和按規定提取的福利基金；
(二)航運管理業務費和管理費；
(三)從事航運管理的退休人員的費用；
(四)航運管理機構的固定資產購置(包括工作車輛、船舶、通信、宣傳、記錄、計算、測試等設備)和基本建設投資(包括辦公樓、職工宿舍及其服務設施)；
(五)運輸管理部門的獎勵基金和工會經費；
(6)智力開發和人員培訓支出。
上述費用中屬於支出的部分，按照事業單位支出標準編制預算；屬於基本建設的壹部分，要按規定的基本建設程序，經過批準。支出前，應將計劃提交審批，本著精打細算、勤儉節約的原則使用。第八條運管費作為水路運輸管理的收入，按照有關財務規定進行管理。
各地收取的運輸管理費由負責航運管理的省局(廳)執行，專款專用。必須嚴格遵守財經紀律和財務制度，任何單位不得挪用。
運輸管理費應單獨開立銀行賬戶，每日結算。年終結余除按規定列入計劃支出外，壹律上繳同級財政。
運輸管理部門的支出計劃應經主管部門和同級財政部門批準，並按期報送財務報表，接受監督。第九條違反本辦法規定，逾期不繳納運輸管理費的，稽查單位負責向征稽部門補繳滯納金，並直接通知征稽部門補繳。滯納金按照逾期日每天按應付金額的0.5%計算。征收部門在收取費用和滯納金後，向稽查單位支付實收金額5%的手續費。滯納金收入和手續費收入納入運輸管理費統壹管理。
對拒不繳納運輸管理費的企業、單位和個人，情節嚴重的，由運輸管理部門沒收運輸(或服務)許可證和船舶營業運輸證。第十條繳費企業、單位和個人對收費部門的決定有異議的，應先繳費，再向上級交通部門申請復議，或直接向人民法院提起訴訟。第十壹條運輸管理人員違反本辦法規定的，由其上級主管部門視情節輕重，酌情給予行政處分。觸犯刑律的，由司法機關依法追究刑事責任。第十二條各省級交通運輸、財政廳(局)可根據本辦法制定實施辦法，並報交通運輸部、財政部備案。第十三條本辦法由交通部和財政部負責解釋。第十四條本辦法自1990年4月1日起施行。
附件壹和附件二(略)