生態經濟指標分類:
按流量可分為:①反映系統從外部輸入的物質和能量以及子系統間相互輸入的指標；(2)反映系統向外界輸出物質和能量以及子系統間相互輸出的指標；③反映投入與產出的生態經濟效益指標可以表示為產出減去投入的凈效益關系或產出與投入的比值關系。
按維度可分為:①物理量指標，如土壤侵蝕；②價值指標，如汙染損失量指標；③指數形式指標，如生態經濟效益指數。
按時間可分為短期指標(1年內)、中期指標(1 ~ 5年)和長期指標(5 ~ 50年)。索引時間的長短應根據對象系統的活動周期來確定。比如森林生態經濟系統，周期長，壹般采用長期指標。為了兼顧短期和長期利益，在計算中長期指標時，可將年投入產出折算成現值(見)，便於方案比較。
根據反映體系的層次，可分為單項指標和綜合指標。生態經濟的復雜性決定了不能用單壹指標來衡量整個系統的優劣，而應從生態和經濟兩個方面設置壹系列單壹指標。比如能量轉換率、生物生產力等等反映生態狀況；用產出、收入和費用來反映經濟活動。除單項指標外，還應設置綜合指標，全面反映系統的狀況，如生態經濟綜合效益和生態經濟損失指標。
對於不同的生態經濟系統，應采用不同的生態經濟指標體系。例如:①平原生態經濟系統可采用光能利用率、能量投入產出比、土壤有機質含量、森林覆蓋率、氮素轉化率、人均收入、成本產出比等指標；②植被覆蓋度、水土流失、人均收入等指標可用於山區生態經濟系統；③草地生態經濟系統可采用單位面積產草量、沙化面積、合理載畜量、人均產值等指標；④海洋生態經濟系統可采用魚類產量、魚齡結構、魚種結構和資本產出率等指標。
對於宏觀生態經濟系統來說，還應該包括壹些有用效果不能用使用價值直接衡量的因素。森林覆蓋率、荒漠化面積、土壤流失量、耕地保存率、湖泊保存率、自然保護區面積、野生動植物滅絕率等可作為生態指標，與投資效果、人均國民收入等經濟指標壹起構成宏觀生態經濟指標體系。