食品的微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之壹，也是判斷被檢食品是否可食用的科學依據之壹。
通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境和食品衛生狀況，對食品被細菌汙染的程度做出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據。
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①生產環境檢查:車間水、空氣、地面、墻壁等。
②原輔材料檢驗:包括食用動物、糧食、添加劑等所有原輔材料。
③食品加工、儲存、銷售的檢查:包括對食品從業人員衛生狀況的檢查，對加工工具、運輸工具、包裝材料的檢查。
④食品的檢驗:出廠食品、可疑食品、食物中毒食品的檢驗。
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國內外進行微生物檢驗的食品種類繁多，食品分類方法也不盡相同。壹般來說，微生物檢測涉及的食品種類主要有:乳制品、預熟食品、飲用水、蛋制品、水果、谷類、嬰幼兒食品、肉及肉制品、軟體動物、家禽、貝類、明膠、草本植物(藥品)、即食食品、罐頭食品、調味品、粉末制品、豆制品、冷凍飲品、糖果、海鮮、甜品、蔬菜。
我國微生物檢驗的重點食品種類有乳制品、罐頭食品、調味品、蛋制品、澱粉制品、發酵和非發酵豆制品、冷凍飲品、糖果、飲用天然礦泉水等。其中糖和保健品的微生物檢驗是中國獨有的。
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目前我國衛生部發布的食品微生物指標有三項:菌落總數、大腸菌群、致病菌。
總板數
細菌菌落總數是指食品樣品在嚴格條件下(樣品處理、培養基及其pH值、培養溫度和時間、計數方法等)培養後，單位重量(g)、體積(mL)或表面積(cm)的細菌菌落總數。).
大腸菌
腸桿菌科的埃希氏菌屬、檸檬酸桿菌屬、腸桿菌屬和克雷伯氏菌屬統稱為大腸桿菌。它們都來自人或溫血動物的腸道，在35-37℃不形成孢子，發酵乳糖產生酸和氣體。這些細菌常見於人和溫血動物的腸道內，隨糞便排出體外。如果食物中大腸菌群較多，說明食物受糞便汙染較重。因此，以大腸菌群作為糞便汙染食品的衛生指標來評價食品質量具有重要意義。
病原菌
致病菌是能使人生病的細菌。當大腸菌群試驗呈陽性，懷疑食品可能被致病菌汙染時，可進行致病菌試驗。在我國現有的國家標準中，致病菌壹般指“腸道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙門氏菌、誌賀氏菌、金黃色葡萄球菌和致病性鏈球菌，食品中不允許檢出致病菌。
對於不同的食物，不同的場合，要選擇壹定的參考菌群進行檢驗。如海產品中以副溶血弧菌為參考菌群，雞蛋和蛋制品中以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌和變形桿菌為參考菌群，米類和面類食品中以蠟狀芽孢桿菌、變形桿菌和黴菌為參考菌群，罐頭食品中以耐熱芽孢桿菌為參考菌群。