南少林，大量的資料顯示其的確存在過，但卻在清朝時因參與反清復明活動被清廷鎮壓了，是徹底焚毀還是改名換姓，至今尚被研究者爭論。但可以確定的是：1.其的確存在；2.南少林在福建；3.它留下了不同於北少林的豐富武學。
明朝時期有因倭寇侵擾，南少林曾派出僧兵在福建沿海抗擊倭寇，因此後有武學回流壹說，即明朝南少林武學回流給北少林。
泉州南少林最早見於《萬年青》“白眉道人奉旨大破少林寺”。清末成書《少林拳術秘訣》稱：“斯時國內有兩少林，壹在中州，壹在閩中”。唐豪考證認為：此“閩中”少林即泉州少林，從而奠定了泉州南少林的地位。早期看法認為：泉州東禪院即南少林。始建於唐初的泉州少林寺雖歷經滄桑，千年古剎史跡猶存，文獻可稽。清鹹豐六年（公元1856年）年間，東禪寺主持幻空曾手書“少林古跡”山門匾額，稍後又出現過“欽賜東禪少林寺”供案。泉州歷史學會陳泗東據此認為：“東禪寺有兩個名稱，壹是正式的，名為鎮國東禪寺……另壹個是俗稱，叫少林寺。”東禪寺即南少林的說法在武術界產生了很大影響。
泉州是南少林武術的發祥地，武術活動歷史悠久，它始晉唐，盛於兩宋，至今枝繁葉茂，拳派遠播，影響廣泛。以南少林武術為代表的泉州武術文化是泉州優秀文化積澱的重要組成部分。南少林武術由五祖拳、太祖拳、白鶴拳、五梅花拳等拳種構成了獨特而博大精深的拳術系統；武術是泉州歷史文化的重要內涵，也是中華傳統武術中的寶貴遺產。明清以來，它傳播到東南亞、臺灣、香港、澳門和琉球等地，成為泉州南少林武術的支派。
南少林武術薪火相傳，有極強的傳統繼承性和凝聚力，至今海內外人士尋根溯源，絡繹不絕。泉州少林寺由嵩山少林寺分燈衍派，建於清源山麓，曾壹度出現過“寺僧千人，隴田百頃，樹林茂郁”的盛況。新中國成立以來，在黨和政府的重視支持下，泉州廣泛開展群眾性武術活動，在繼承傳統的基礎上，形成實力雄厚、獨具特色的武術隊伍。60年代泉州業余武術社成立，拳界耆宿紛起響應，氣象為之壹新。改革開放以來，泉州市武術協會應運而生，各門派傳人齊集麾下，武術館、武術學校遍布城鄉，再現“泉南千載少林風”的盛況。
目前全市已有5個區（市）被國家體委評為“武術之鄉”；二十年來，世界各地眾多武術團體和人士來泉尋根訪友，並開展了雙邊的訪問交流活動。泉州武術界與日本、菲律賓武術團體結為友好團體，並與四大洲的二十幾個國家和地區的數十個武術團體建立了友好聯系，為增進泉州與世界各國和各地區人民的傳統友誼發揮了積極的作用。