1，產權不同。加盟連鎖(特許連鎖)是獨立主體之間的契約關系，各加盟店的資本相互獨立，與總部不存在資產紐帶；直營連鎖店都是同壹個資本所有，每個連鎖店都是總部所有，直接經營，集中管理。這是加盟連鎖和直營連鎖最本質的區別。加盟總部因為用別人的資金快速擴大產品的市場份額，所以需要的資金更少。相比之下，直營連鎖店的發展更容易受到資金和人員的制約。
2.法律關系不同。特許連鎖中加盟商(總部)與加盟商(加盟商)的關系是壹種契約關系。雙方通過訂立特許經營合同確立關系，並通過合同明確各自的權利和義務。直營連鎖店總部與分店的關系由內部管理制度調整。
3.管理模式不同。特許連鎖(加盟連鎖)的核心是特許經營權的轉讓，特許人(總部)是轉讓方，加盟商(加盟店)是接收方。特許經營制度是由特許人和受許人簽訂特許經營合同而形成的。各加盟店的人事、財務關系相互獨立，特許人無權幹涉。在直營連鎖經營中，總部擁有所有分店，有權決定分店經營中的所有具體事務。分公司經理作為總部的員工，按照總部的意誌辦事。
4.涉及的業務領域不完全壹樣。直營連鎖的範圍壹般僅限於商業和服務業，而特許連鎖(加盟連鎖)的範圍要寬泛得多，除了商業、零售、服務業、餐飲業、制造業、高科技信息產業等領域。
通俗點可以理解為:
有兩種聯動:
壹種是自營連鎖:唯壹法人，各分公司自行投資建設，統壹采購，統壹配送，統壹標識，統壹營銷策略，統壹價格，統壹核算。
另壹種是特許連鎖:唯壹的商標持有人，加盟商向持有人支付壹部分品牌使用費，按照所有者使用店鋪的logo、顏色、形象等規範建設新店。每個店鋪都是獨立法人。
連鎖店包括加盟店，也叫加盟連鎖店，是連鎖店的壹種形式；
連鎖店就是像肯德基壹樣的分店，和總部的經營思路壹致。
加盟店就是那種店主是老板，從總部進貨，自負盈虧的店。
連鎖店就是發達的店，開壹堆店。加盟店是發達的店。想開連鎖店，但是怕麻煩，就請別人加盟，合作共贏。