(2)酶制劑發酵 酶普遍存在於動植物細胞和微生物細胞內，可以說，所有生物細胞都含有酶。利用發酵法制備並提取微生物產生的各種酶，已是當今發酵工業的重要組成部分。目前，工業用酶大多來自於微生物發酵生產的酶。例如：α壹澱粉酶、β壹澱粉酶、葡萄糖苷酶、脫支酶、轉化酶、葡萄糖異構酶、纖維素酶、堿性蛋白酶、酸性蛋白酶、中性蛋白酶、果膠酶、脂肪酶、凝乳酶、過氧化氫酶、青黴素酰化酶、膽固醇氧化酶、葡萄糖氧化酶、氨基酰化酶等。另外，釀酒工業、傳統釀造工業等生產中應用的各種曲的生產也相當於酶制劑的生產。
(3)生物轉化發酵 生物轉化是指利用生物細胞中的壹種或多種酶，作用於壹些化合物的特定部位(基團)，使它轉變成結構類似但具有更大經濟價值的化合物的生物化學反應。生物轉化的最終產物並不是生物細胞利用營養物質經代謝而產生的。生長細胞、休止細胞、孢子或幹細胞均能進行轉化反應，為提高轉化效率，降低成本並減少產物中的雜質，現在越來越多地采用固定化細胞或固定化酶。在轉化反應中，生物細胞的作用僅僅相當於壹種特殊的生物催化劑，只引起特定部位發生反應。而其可進行的轉化反應包括脫氫、氧化、脫水、縮合、脫羧、羥化、氨化、脫氨、異構化等。生物轉化反應與化學反應相比具有許多優點，如工藝簡單、操作方便、反應條件溫和、對環境汙染小等。生物轉化反應最明顯的特點就是反應的特異性強，包括反應特異性(反應類型)、結構位置特異性(分子結構中的位置)和立體特異性(特殊的對映體)，其中以反應的立體特異性顯得尤為重要。