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關於壽司的起源，眾說紛紜。在古代東南亞和中國沿海地區，也有類似壽司的食物，只是形式不同。日式壽司主要由紫菜包飯或海苔、生魚片、黃瓜、肉松和燒洋蔥組成，配有芥末、辣根、醬油和醋。。在中國沿海，有壹種用糯米、蛋黃、脆皮、花生、蔬菜和熟蝦做成的圓柱形飯團，叫做飯棒。外面包了壹層熟面團。方法有點像捧壽司，只是材質和形狀不同。相傳，這種米棒來自春秋時期的越國(浙江省)，屬於古代越人的傳統食品。
在高句麗投降中國後的公元200年，也就是後漢時期，這種食物“福”已經開始在中國流傳，據說是由東北亞的海洋民族(扶余、東萊、馬漢等)傳入的。).在字典裏，它被定義為用鹽、醋、米飯和蒸魚片做成的食物。有時候炸魚條作為主料，和飯團混在壹起。形狀是壹個橢圓形的球體，看起來像壹個足球。但大部分時候都沒有固定的形狀，鯰魚也是用粉蒸魚排或者米飯蒸魚排，但是用的是米飯，可以加熱使用，也可以和煮熟的魚冷拌使用。宋朝的時候，中國戰亂頻繁，這只是壹種充饑的食物。品種較多，有蔬菜、魚、肉等組合而成，但由於沒有固定的形式，與日式壽司不同。
在漢字傳入日本的初期，日本加入了自己對漢字的理解，把日本的壹些食物換成了意思相近或不同的漢字，於是日語中的“吳四”變成了“福”，“撒米”變成了“衣”。
後漢時期出現了用米、生魚、醬做成的小食品，比中國的小很多。這就是後來日本壽司的始祖。同時，中國的魚條拌飯，可以算是壽司的兄弟或者鄰居。只是現在沒有廣為流傳和普及而已。
公元700年，也就是奈良時代，日本早期的小食品被命名為壽司，作為節日食品。壽司逐漸成為日常食物，尤其是壹些漁民用壹些醋腌制的飯團，加上壹些海鮮或肉類，壓成壹小塊，整齊地排列在壹個小木盒裏，作為沿途的食物。在鐮倉幕府時代，壽司已經被廣泛傳播，成為壹種普通的物品和日本飲食文化的象征。
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飯團從1970的年代開始發生了變化，傳統上對飯團的印象是，在壹團蓬松的白米飯中，餡料可能是烤三文魚，整個飯團被母體裹上了海藻。而便利店徹底改變了這壹畫面。
自從便利店出現在1970年代，飯團就成了便利店裏最重要的商品之壹，直到今天還保持著這種地位。由於開發了壹種將大米和海苔分開的包裝方法，海苔可以保持酥脆，消費者可以在不弄臟手的情況下享用飯團，這使得便利店出售的飯團廣受歡迎。飯團的餡料選擇也非常多樣，有很多外國口味的餡料，讓這道珍貴的日本料理多了幾分異國情調。
日本古墳遺址(約公元250 -600年)出土的碳化飯團和彌生中期石川杉山遺址(約公元前300年-公元250年)出土的飯團被考證為日本“最古老的飯團”。