與傳統的滅活疫苗、亞單位疫苗和基因工程疫苗相比，核酸疫苗具有以下優勢:1免疫保護性增強。
接種後，蛋白在宿主細胞中表達，直接與組織相容性復合體MHCI或ⅱ類分子結合，同時引起細胞和體液免疫，對預防慢性病毒感染性疾病和其他依靠細胞免疫清除病原體的疾病更有效。
2.準備簡單，省時省力。
核酸疫苗作為重組質粒，易於在工程菌中大量擴增，純化方法簡單。而且可以將編碼不同抗原基因的多個重組質粒組合起來制備多價核酸疫苗，可以大大減少人力、物力、財力和重復接種帶來的應激反應。
3同壹物種不同植物的交叉保護
這是基因疫苗最大的優勢之壹。在基因疫苗的制備中，可以通過修飾基因表達載體攜帶的目的基因來選擇抗原決定簇。
4應用程序更安全
接種核酸疫苗後，蛋白抗原在宿主細胞中表達，不會有毒力逆轉或殘留毒力病毒顆粒引起流行性疾病的危險，也不會對機體造成不良反應。
5產生持久的免疫反應。
免疫力具有持久性，壹次接種即可獲得長期免疫力，無需反復加強免疫力。Wolff等報道註射後19個月仍可檢測到相當數量的外源基因。
6儲存和運輸方便
核酸疫苗的質粒DNA穩定，易於保存和運輸，不需要冷藏。
7可用於預防和治療腫瘤。
CTL反應也是機體殺死癌細胞的有效途徑。如果能找到細胞惡性轉化過程中的關鍵蛋白，就可以制備腫瘤的CTL疫苗。基因疫苗接種後，可誘導機體產生CTL免疫反應，監測細胞的惡性轉化並對癌細胞產生免疫反應，從而為癌癥預防和免疫治療提供了有力的新武器。
潛在危險
1質粒DNA可能誘發自身免疫反應，但很多人和動物的實驗表明，質粒DNA誘發自身免疫疾病的可能性較小。目前已有DNA疫苗接種的研究，顯示免疫動物血清中未檢測到抗DNA抗體。但是在DNA疫苗的臨床試驗中。接種者應該接受抗DNA抗體測試。
外源抗原的持續表達可能會產生壹些不良後果。質粒長期高水平表達外源抗原可能導致機體對該抗原產生免疫耐受或麻醉。在成年動物中，沒有出現DNA疫苗誘導免疫耐受的情況。而新生動物的免疫系統尚未發育成熟，可能會將外來抗原視為自己的成分，形成耐受。此外，低水平表達的抗原可能被血液中的中和抗體消除，不能引起足夠的免疫反應，因此疫苗的預防效果不能充分體現。
肌肉註射質粒後，只有少數被肌細胞吸收，重復PCR結果為陰性，揭示肌肉註射後逃逸到血流中的疫苗質粒數量微乎其微，質粒的去向有待進壹步明確。
影響核酸疫苗誘導免疫應答的因素很多。目前已知的影響其免疫效果的因素主要有載體設計、核酸疫苗的導入方法、佐劑和輔助因素。此外，年齡和性別因素、肌肉註射的劑量和體積、預先註射蔗糖溶液都會影響質粒DNA的表達。
外源DNA註入體內後，可能整合到宿主基因組中，使宿主細胞的抑癌基因失活或癌基因激活，使宿主細胞轉化為癌細胞，這可能是核酸疫苗諸多安全問題中最值得深入研究的。Whalen等人認為，通常用於實驗性核酸免疫的劑量(100ug質粒)相當於1013個拷貝，註射到肌肉後大部分被降解清除，但這個問題需要進壹步研究證明。