微生物肥料和化肥之間是互補的關系。用了微生物肥料可以提高化肥的利用率、可以少用化肥、克服了單用化肥會使土壤板結、漏水、漏肥等特點。接下來我將他們的關系分析如下：
1、微生物肥料不能完全替代化肥
在只追求產出，不追求農產品質量的大宗農產品（如玉米、小麥）種植田塊，生物有機肥壹般不宜完全替代化肥。如果僅用微生物肥或有機肥完全替代化肥，既追求產品品質，又追求產量，將使用投入的成本相對增高。對不追求農產品品質，只追求產量的壹般大宗農產品來說，全部用成本相對較高的生物有機肥替代成本較低的化肥，成本顯得較高。這種僅用化肥，既追求產量，有希望土地持續豐收的操作，只能在富含大量有機質的土壤中短期有效。例如東北黑土地長期只用化肥，同時焚燒稭稈，導致黑土也會沙化就是明顯的例子。
如果考慮農田的可持續利用，最好的使用方法是化肥、微生物肥、有機肥三者結合使用，尤其是針對有特殊經濟效益的農產品種植，如果樹、蔬菜、茶葉、中藥材等，是壹種針對性強、經濟效益好的農作方式。微生物肥料的使用不但提高了產量，還保證了農產品的質量和品質。
2、微生物肥料能提高化肥的利用率
在當下的種植手段下，我國的化肥利用率僅僅只有30%~35%左右，大部分都沒有被作物吸收，要麽壹部分被揮發、要麽壹部分被固定在土壤裏或者隨雨水的淋洗滲入地下而汙染環境。在施肥時，以有機肥和微生物肥為基肥，追肥使用化肥，這種化肥配施微生物肥和有機肥的措施，能使化肥的利用率大大提高，肥料的利用率可以提高至70%左右。
3、微生物肥料能減少化肥的使用量
提高肥料利用率本身就是減少化肥使用量的壹種措施，另外有固氮能力的菌株在氮養分缺乏的土壤中還能降空氣中的氮固定為氮肥，大大減少了化肥的使用量。
所以說微生物肥料和化肥之間是互補的關系，微生物肥料不但能減少化肥的使用量和提高肥料的利用率，還能大幅度提高農產品的質量，因此，微生物肥料的使用是實現化肥減量的科學而有效的農業生產措施。