日本最好的大學有東京大學，早稻田大學，慶應義塾大學，北海道大學。
1、早稻田大學
這所大學大概很多人都聽說過，這是日本最有名的私立大學，日本的很多首相都畢業於此大學，據說同學會的時候，滿場的社會名流，國會議員，元首相直接面對面，相當強悍的學校。
2、慶應義塾大學
日本歷史最悠久的私立綜合性高等教育機構，又壹所名牌私立大學，類比學校，英國牛津大學。文科和理工科實力平均，生物，政治，商等專業水平極高。值得壹提的是，日本首相小泉純壹郎（親美派）就畢業於該校的經濟系。
3、北海道大學
日本首座具有授予學士學位資格的壹流高等學府。根據2018年QS世界大學排名，北海道大學位列世界第122名，亞洲第31名，其化學、工程學、農學、林學等學科均位列世界前100。2010年，北海道大學工學部教授鈴木章榮獲諾貝爾化學獎。
4、東京大學
壹所世界名牌大學，排名前十五。類比學校，哈佛大學。但是文科相對較弱，不像哈佛文理都很強。東京大學的理科和工科在世界上處於領先地位，與哈佛，麻省不相上下（英國劍橋靠邊站），物理和化學世界排名第壹，工學基本都排在3到1的位置