1、投資高昂：概念水廠采用的先進技術和設備成本較高，需要進行大量的投資，建設難度相對較大。這意味著建設成本較高，造成財政負擔。
2、能耗較高：概念水廠多采用機械設備，能耗較高。如有生態水處理需要大量的浮選機、汙水提升泵、生物流化床等機械設備，造成能耗較大。
3、維護難度大：由於概念水廠機械設備多，需要進行定期的運行檢修，同時需要保證各個處理單元的配合協調，維護難度相對較大。
4、壹些問題難以解決：由於概念水廠采用的技術和設備較為先進，壹些技術問題還未得到有效解決，例如通常情況下水質處理水平要求達到的CODcr、NH3-N等指標難以達到。