但全國統壹後三番卻已成尾大不掉之勢，擁有過大的兵權，財權和地方政治影響，甚至壹定程度上可以與清庭分庭抗禮，成為了清王朝內部的極大不安定因素。所以，在康熙12年年輕的康熙皇帝做出撤藩決定，戰爭爆發。康熙20年清軍攻入雲貴省城昆明，吳世藩自殺，歷時八年，的“三藩之亂”結束。
三藩反清初期吳軍處於戰略進攻地位，戰爭形勢對吳軍十分有利廣大漢軍和民眾也參加了和支持了吳三桂的行動。那為什麽最終會失敗呢？主要有以下原因：政治上不善於利用民心，吳三桂起兵後便拋棄明朝旗號，這引起強大的消極反響，大失民心。軍事上，起兵倉促，物資不足。
對未來的形勢發展存在偏差。並且趨於屬於保守主義。此外三番各自為營，缺乏統壹調度和集體意識。結語：由吳三桂主導的“三藩之亂”，雖然帶有漢民族反抗民族壓迫的性質，但是實際上是統治集團內部矛盾爆發的產物。三藩之亂，動機和行為與明朝抗清仁人誌士不能相提並論，企圖和政治目標，亦不足取。最後的結果，因為三藩失敗，按歷史上“成王敗寇”的規律，今人只能稱之為“三藩之亂”！