基於功能的計算方法將物流成本歸納為以下公式。
物流成本(Logistics Cost)＝運輸成本(Transportation Cost)＋存貨持有成本(Inventory Carrying Cost)＋物流管理成本(Logistics Administration Cost)
物流活動的細分便於找出成本的具體所在，但從管理的角度，即區分物流功能，又符合企業管理的財務控制結構的方法被普遍接受。此種方法將物流成本分為運輸成本、倉儲成本、存貨成本、資金成本、管理成本和信息成本。
基於活動的物流成本方法是將物流成本按照不同的物流活動分解，然後計算各項活動的總和即為物流總成本，基於物流活動的成本可以分解為以下各項：１、訂貨費用；2、訂貨處理及信息費用；３、運輸費用；４、包裝費用；５、搬運裝卸費用；６、進出庫費用；７、儲存費用；８、庫存占用資金的利息；９、商品損耗；10、分揀費用；11、配貨費用；12、物流中心管理費用；13、以及其它由於交貨延誤造成的缺貨損失等。
值得提出的是，物流成本之間存在背反規律――在物流功能之間，壹種功能成本的削減會使另壹種功能的成本增多。因為各種費用互相關聯，必須考慮整體的最佳成本。物流成本研究的目的是要將混入其他費用科目的物流成本全部抽取出來，使人們能夠清晰地看到潛藏的物流成本，以便找出可行的方法降低成本。
1、運輸成本
在所有物流成本中，所占比率最高的是運輸費，通常運輸成本占物流總成本的40％以上，因此，在總成本分析中，最為重要的是嚴格控制在運輸方面的開支，加強對運輸的經濟核算。運輸成本可以根據運費單來確定，也可以從企業車隊運輸的有關會計賬目來核定。物流中心的運輸成本控制的關鍵是制定出周密可行的運輸規劃，進行全程運輸合理化，避免浪費運力、人力和相關資本。
2、倉儲成本
倉儲成本包括由於倉儲設施數量變化和為倉儲運作而發生的所有費用。分清倉儲成本和存貨成本有利於企業發現問題並制定合理的應對措施。大多數倉儲成本不隨存貨水平變動而變動，而是隨存儲規模和運作模式而變化。倉儲成本可以分為：１．倉庫租金（空間成本），２．設備維護成本，３．人工成本，４．管理成本。有時，倉儲成本被很不合理地劃歸到存貨成本中。
3、存貨成本
存貨成本只包括那些隨存貨量變動的成本。我們把存貨成本具體分為以下三類進行分析：存貨管理成本、資金成本、存貨風險成本。
存貨管理成本：存貨管理成本包括為持有存貨而支付的稅收與保險費，包括為取得存貨而發生的訂貨費用。保險是為擔保特定時段壹定產品的價值，目前我國不收取持有存貨稅。
存貨投資的資金成本：物流中心持有存貨所用資金是構成存貨投資的資金成本的主體，公司的資金機會成本是投資其它業務收益的平均期望值。對於不同期間進入和流出物流中心的存貨價值可以用不同的方法核算，現行會計中使用以下幾種方法計算存貨成本：先進先出法、後進先出法、加權平均法、移動平均法、計劃成本法、毛利率法、零售價法等、不論企業采用哪種方法計算存貨成本，有壹點是肯定的：即存貨越多，全部存貨的資金成本也就越高、企業在存貨上的投資是企業的市場戰略的組成部分。
存貨風險成本：存貨風險成本有四種，包括損壞成本、竊損成本、陳舊成本、易地成本。
物流成本的高低，直接關系到物流中心的盈利空間和客戶價值。因此，如何進行物流中心的成本控制是決定物流中心經營運作成敗的壹個重要決定作用。從物流管理的發展歷史看，降低物流成本是最初的出發點，當前仍是人們采用現代物流技術和管理手段的主要原因。物流成本管理與運輸管理、庫存管理、配送管理等職能性管理不同，它貫穿物流管理的全過程，涉及到人、設備與技術、資金、物料等全部生產要素。掌握物流成本的分析與控制方法，是合理組織物流、進行各層次物流系統決策分析的基礎。
在物流的全過程中，時刻都凝結著所消耗的物化勞動和活勞動。物化勞動的消耗為轉移到物流產品中的生產資料價值，活勞動消耗又分為兩個部分，壹部分是勞動者為自己勞動所創造的價值，即勞動者的工資部分；另壹部分是勞動者為社會勞動所創造的價值，即企業上交的稅金和企業創造的利潤。其中在物品流動過程中所消耗的部分生產資料價值和員工的工資部分構成物流總成本