中華氣功在長期生存發展過程中受諸方面因素影響，形成了多種流派，據傳有“三千六百旁門，八萬四千外外道”之多。氣功流派的形成，早在春秋戰國已露端倪。到了漢代，由於道教的成立，佛教的傳入，醫家的成熟，門派陣營越來越分明，至唐代形成了門派林立的局面。且各派為求生存發展，互相爭鬥，力求壓倒他派。抑或物極必反，分久必合，唐宋以來、許多氣功學者如司馬禎、李含光、王重陽等提出儒、道、佛同源觀點後，氣功出現了萬法歸壹之勢，儒、道、佛開始相互融匯，走向合流。如儒家取佛家禪定理論及靜坐之法，又納道教部分養生術於修身之中；道家取佛家禪定理論和儒家倫理思想，融於自己的功理之中，內丹體系，就是道教廣納博取的優秀代表。佛教也不例外，天臺宗智凱大師著作中的六字氣訣，是地道的道家功法。朋朝以後，氣功流派合流之勢更加明顯，此時還出規了許多吸收三教功法、功理之長的氣功著作和包容壹切的混元理論。
關於氣功流派的分類，學術界意見不壹，有人說是儒、道、釋三家；有人說是儒、道釋、武、醫、民間六家；也有人說是儒、道、釋、巫、俗。但客觀的歷史的分析，主要是佛、道、巫三大家。醫家功和儒家功雖各具特色，但超不出道家功範疇，都是在道家功的基礎上發展起來的。至於武術氣功和民間氣功或源於道、佛，或源於巫術氣功，或兼而有之。
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