單純性低位肛瘺，因手術切口較小，治療方法較簡單，大概壹周就可以出院，出院後恢復時間約2周左右；
復雜性高位肛瘺：部分患者是壹次性根治性手術，住院兩周或更長時間，出院後恢復時間約4-6周左右；
復發性肛瘺：如合並其他疾病，治療周期較長，需要反復多次住院，整個恢復時間可能需要幾個月，甚至更長的時間。