秦文君作品《寶貝當家》《男孩蓋瑞傳》分別獲得1999、2001第六屆、第七屆精神建設和文明“五個壹工程”獎。”《少年蓋瑞傳》還獲得了“民國五十年優秀小說”的稱號；《少女賈梅傳》獲文化部全國蒲公英獎；作品《秦文君作品集》、《唐恬街3號》獲全國優秀兒童讀物壹等獎；作品《羅微》、《李嘉》、《盧植生》連續三次獲得中國作家協會第二、三、四屆全國兒童文學獎。另有多部作品獲得40多個獎項，包括宋慶齡兒童文學優秀小說獎、冰心兒童圖書獎、中國圖書獎、國家圖書獎提名獎、中國兒童文學獎、兒童文學花園獎、上海市青年文學獎、巨人中篇小說兒童文學獎、臺灣省楊歡兒童文學獎、臺灣省九歌文學獎等。作者1996獲得意大利蒙特羅國際文學獎特別獎，2002年6月被IBBY授予“國際安徒生獎提名獎”。
秦文君的近十部作品，如《男孩的Jarry》、《家裏的小醜》、《快樂的女孩》等，已在海外出版，有的被翻譯成英語、荷蘭語和日語。《少女果醬》、《當家寶貝》、《小鬼盧植生》、《淘氣的日子》等十余部小說被改編成影視作品，多次獲得飛天獎。
秦文君的小說在校園裏很受歡迎，其中《男孩的加裏系列》印數超過百萬冊，被譽為“新時期兒童心靈的作品”。她最大的願望就是以兒童為本位，不斷挖掘藝術潛力，把優秀的精神食糧奉獻給年輕讀者。