1、Sanger 測序，用鏈終止法和毛細管電泳，這個是第壹代測序的主要方法，至今仍然在使用。
2、邊合成邊測序：454和Illumina測序都采用的這種方法，不過，有壹些區別。454用Emusion PCR, Illumina用 Bridge PCR進行測序文庫構建；454用焦磷酸發應的信號進行檢測，Illumina用熒光標記進行檢測；454壹次性加壹種dNTP，illumina壹次性加4中dNTP，每次反應合成壹個堿基。
3、邊合成邊測序：Life Tech 的SOLiD是這個方法，文庫構建與454基本相同，但是測序反映采用的鏈接酶，每次鏈接壹個小片段，編碼方法比較復雜。
4、單分子測序： Pac BioScience目前采用的這個方法，屬於第三代測序技術中比較有潛力的方法。
5、納米孔測序： Oxford Nanopore采用的最新測序技術，是目前最為期待的第三低測序技術，還沒有穩定的儀器和試劑上市。