首先，書院和大學的出現絕不是偶然現象，它不僅與各自的思想文化密切相關，也與各自封建經濟的相對發展和獨特的政治結構密切相關。但不同的是，歐洲中世紀的大學大多誕生在商業發達的城市；相反，中國的書院大多出現在遠離城市或郊區或名山大川的地方，大多從倫理和政治的角度解決社會問題，不像中世紀的大學從經濟層面解決問題。
其次，大學和書院在辦學精神上都表現出相應的獨立性、開放性和研究性。但不同的是，中世紀的大學為獨立生產和自由研究贏得了許多特權；中國早期的書院並沒有從官方那裏得到什麽“特權”，只是在辦學過程中得到壹些官方的支持。
再次，大學和書院在辦學宗旨和課程設置上往往表現出差異。大學以辦學為目的，強調職業分離，註重培養律師、醫生等專業人才；但總體而言，書院偏重於理論本位，熱衷於追求道德完善的聖人人格。在課程設置上，大學既重視專業知識，又表現出對西方傳統“七藝”的繼承和發展；書院也非常重視儒學的發展。
最後，在教學方法上，大學和書院都重視學術講座、研究和討論。
值得註意的是，歐洲中世紀大學和中國早期書院的學術研究絕不是無限制的，它們不可能從根本上突破封建制度本身。書院和中世紀大學在東西方教育發展史上具有重要價值和深遠影響。中世紀大學的形成與經院哲學/中世紀大學的發展