1.單壹發酵:單壹發酵是指在發酵過程中只使用壹種微生物菌種，壹般用於生產單壹的發酵產品。其優點是操作簡單，發酵過程容易控制，產率和純度高。缺點是單壹發酵往往面臨選擇性微生物抑制和生長速度慢的問題，同時需要對不同的微生物進行篩選培養，導致研發成本高。
2.雙重發酵:雙重發酵是指在發酵過程中使用兩種不同的微生物菌種，相互作用完成發酵過程。兩種發酵的優點是可以利用兩種微生物的優勢互補，提高產量和產品質量，減少某些微生物的選擇性抑制，提高生物反應的效率。缺點是兩種發酵對微生物的篩選和培養要求較高，操作難度較大，成本也會相應增加。
3.倒置發酵:倒置發酵是指在發酵過程中，先用壹種微生物菌種進行壹定程度的發酵，再加入另壹種微生物菌種進行發酵。反向發酵的優點是可以利用兩種不同微生物的優勢互補，提高產量和產品質量，避免兩種發酵中微生物的競爭和抑制。缺點是操作復雜度高，需要控制兩種微生物的比例和發酵條件，否則可能會影響發酵效果。