在蘇南運河航道內從事與交通相關活動的單位和個人，必須遵守本辦法。
在蘇南運河航道內從事涉河活動的單位和個人，必須遵守有關河道管理法律、法規的規定。第三條省人民政府交通主管部門主管蘇南運河交通管理工作，蘇南運河沿線設區的市、縣(市)人民政府交通主管部門主管轄區內蘇南運河交通管理工作。交通部門的航道管理、港航監督和運輸管理機構依法具體負責蘇南運河的航道、交通安全和運輸管理工作。
省人民政府有關部門和蘇南運河沿線地方各級人民政府應當按照法律法規規定的職責，做好蘇南運河的相關管理工作。第四條蘇南運河航道、航道設施和交通安全標誌，任何單位和個人不得損毀。
交通主管部門應當加強對蘇南運河航道、航道設施、交通安全標誌的維護和交通安全秩序及運輸市場的管理，依法查處各類交通違法行為，確保設施完好，實現運輸市場有序、通航安全暢通、航道規範美化。第二章航道管理第五條蘇南運河沿線城鎮的規劃建設涉及蘇南運河的，應當與蘇南運河航道規劃相協調。
交通部門對蘇南運河航道整治應當符合防洪安全要求，並事先征求水行政主管部門對相關設計和方案的意見。第六條在蘇南運河上設置碼頭、取水口和出水口，應當符合防洪航運、城市規劃和其他相關技術規範的要求。設置碼頭應當采用挖掘式結構，具體標準由省交通運輸廳會同省水行政主管部門另行制定。
禁止占用錨地建造碼頭。第七條任何單位和個人不得在航道上進行裝卸作業。確需臨時占用航道進行裝卸作業的，應當事先經交通運輸部門批準。對河道引、排水和堤防安全有影響的，還應當經水行政主管部門批準，作業單位或者個人應當采取相應的防護措施，確保通航和引、排水暢通。第八條跨河建(構)築物應當符合蘇南運河防洪、排澇、輸水、通航技術標準的要求。跨河建(構)築物的凈寬和凈高不得小於50m，橋墩頂部應設置在該河段最高通航水位以上或設計河底高程以下(實際河底高程低於設計河底高程的，按實際河底高程計算)。
過江電纜的通航凈高不小於16.5m加上電纜的安全富裕高度，電桿基礎與河口線的距離不小於15m。第九條水下電纜、管道等過江設施應當符合《航道、水下電纜、管道建設技術規範》的要求，設施頂部埋深應當低於設計河底高程2m(實際河底高程低於設計河底高程的，按照實際河底高程計算)。第十條河道穿越設施應當符合相關規範和要求，設施所有者或者經營者應當設置標誌並予以維護。第十壹條在蘇南運河航道水域和坡肩外緣10米範圍內禁止下列行為:
(壹)在航道水域內設置漁具、蓄水場、停泊站(區)種植水生作物；
(二)向水體排放、傾倒工業廢渣、城市垃圾等廢棄物和汙染物，清洗水體中含油或者有毒有害汙染物的車、船、容器。
(三)擅自挖坑取土的；
(四)運輸、塗改、損毀或者遮擋助航標誌和交通安全標誌；
(五)利用航道兩側的樹木、護岸、欄桿、交通安全標誌、助航標誌和導航設施引纜、拋錨；
(六)其他影響或者損壞航道、航道設施和交通安全標誌的行為。第十二條蘇南運河兩岸應當加強綠化和美化；在城鎮等重點地區，沿海應建設綠化帶、觀光帶或林業示範區。
河道附近單位和個人所有或者使用的建築物、場地和其他設施有礙觀瞻，影響河道環境美化的，應當采取相應的清除、拆除、修復、粉刷或者鋪設輕質圍欄等措施。第三章交通安全管理第十三條2002年6月5438+10月1日起，除農資、農副產品、防汛救災物資區間運輸的農用水泥絲網船和漁業水泥絲網船外，經港航監督機關批準，禁止進入蘇南運河。