作為中國第壹部完整的經學史，《經學史》有其優點，但由於作者學術地位和時代的局限，也存在不少問題甚至錯誤，具體體現在以下幾個方面:該書對經學史各階段重要經學人物的評價有失偏頗；壹些經學史上的重要流派甚至被回避。
個人立場的片面觀點
皮站在現代經學家的立場上，對經學史上重要的經學流派&古代經學和宋學持否定態度。他認為古代儒家經典就是史學。對經的解釋不符合聖人的意思。然而，宋學運動實際上是孟子的壹次升級運動。理學在發展傳統儒家“內聖外王”思想的同時，更加註重“內聖”之學，最終使四書之學超越五經，修身齊家、平天下之道成為社會各階層推崇而不可替代的價值準則，從而對傳統社會中後期產生了深遠的影響。理學在繼承魏晉玄學宇宙本體論的基礎上，形成了壹套精致的玄學思辨，使傳統儒學更加理論化。這對於增強中華民族的邏輯思維能力，拓展傳統儒學的學術內涵，具有不可替代的積極意義。因此，這是中國傳統儒學的壹個重要發展階段。而經學史只是因為講義無用而加以否定，難免表現出強烈的功利色彩，所以評價是武斷的。值得註意的是，在否定宋如意的經學思想時，皮提到了朱學派的思想缺失。比如他提到理學刪減經典以符合自己的意願，皮認為這種學風與朱無關，始於程氏兄弟，說程氏兄弟從義的角度判斷章句的“真偽”，朱則根據理學加以補充和發展，從而形成了現在版本的大學。其實朱熹強把《大學》分為“經”和“傳”，學界早有說法。Pi明知故犯的保持沈默，顯然有失公允。眾所周知，朱的學術研究強調“體例之事”和“學問之事”，這表現在對朱重視名、事、典體系的考證上，所以章學誠認為朱的學術思想是清學之源。我們可以看到，清代現代作家莊存玉、劉、宋翔鳳等都深受贛嘉考據之風的影響，所以他們都對朱懷有深厚的感情。這種選擇與魏源、康有為後期的選擇大相徑庭，他們是王陸而不是朱成。如前所述，皮在學業上跟隨靈樞、陳歷、，學風也是如此，所以皮要保護朱。正是從這壹立場出發，皮沒有對理學中的重要流派的《薛鑫》作出評價。這不是簡單的忽視，而是與皮的家庭觀有關。皮從經學應用的角度評價經學流派，但也受到考據學風的影響。從現代古文方面，他尊今抑古；在漢宋觀中，皮是揚漢抑宋的。他始終堅持清代儒學形而上思辨的傳統，認為自己的天道論接近舊釋。在對朱之學和心學的評價中，朱的學風是紮實的，是清代儒學考據學學風的無可匹敵的始祖。皮的重考考據與朱學智的實證治學風格不謀而合，這是因為《經學史》載有多首為朱保駕護航的歌曲，但只用“糟粕六經”壹詞來形容陸的治學，更談不上對其進行客觀的分析。
強烈的主觀色彩
皮對經學史上重要人物的評價也帶有強烈的主觀色彩。在皮看來，任何管理古代經典的人，都有政治叛逆的傾向。比如他認為劉欣管理古文是幫莽篡漢，王肅和杜預提倡古文註釋《左傳》是幫司馬師篡魏。錢穆的《劉父子年譜》清楚地表明，對莽的幫助與他對中國古代經典的處理是分不開的。至於王肅和杜預對古文的處理，則與司馬師篡魏有關，沒有歷史的痕跡，更是主觀臆斷。查《魏書·王肅列傳》曰:“王肅良有學問，能分析其俸祿！劉驁認為蘇聯方面是有幫助的，殺死自己是好的，這也是壹種違反。性沈迷於榮譽而不求性交，也是相反的。吝惜財物，善待身體，是三害。”沒有跡象表明王肅幫助司馬篡魏。至於杜預，他基於文言經典的立場，找出了《春秋》對《左傳》的註釋，與《左傳》的註釋是壹致的。今天，劉家合先生做了詳細的討論，以供參考。找《晉書·杜預傳》，沒有杜預幫助司馬師篡魏的痕跡。
重“今”輕“古”，揚“漢”，抑“宋”
《經學史》將經學的發展分為十個時期。從皮的分期來看，經學的發展自漢代以後壹直在走下坡路。皮重“今”不及“古”，揚“漢”抑“宋”。他認為中國古代經學的興起是對經學的第壹次破壞；所以，皮對中國古典經典和宋學的評價是極低的，他的經學史是建立在中國古典經典對中國現代經典、宋學對漢學的破壞之上的。然而，自西漢末年文言經典興起以來，文言經典的考據和音韻訓詁實際上是壹個“向前”發展而非“衰落”的新階段。到了隋唐時期，以許慎、鄭玄為代表的古文經學家開創了壹種新的學風。至於理學，應視為經學的發展而非衰落，即學佛入儒，將經學教為“玄學”，將傳統儒學理論化、哲學化。在理學的發展過程中，朱學派形成了從"從物之學"到"從知之學"的嚴謹紮實的學術風格，這既是對東漢經學學術風格的回應，也是清代經學學術風格的源頭。章學誠的《著錄》是壹部綜合性的文史著作，對清代薛燭與儒學的淵源有詳細的描述。可惜Pi對此視而不見。他站在“現代文學”(西方文學)和“漢學”的立場上，用自己的意誌壓制儒家經典的衰落。說到底，皮的分期法是為了突出現代經學在清代的“復興”。
作為政治工具
皮視經學為“有用、昌盛、無用、衰微”，完全把經學視為政治工具。他認為經學的衰落是由於章句之學的發展，使得後世的經學教師偏離了教師的方法和為現實政治服務的目標而衰落。眾所周知，漢代經學的衰落，正是因為經學與政治之間未能保持壹定的張力，與現實政治過於接近。漢代經學的神學預言是其衰落的重要原因。皮站在西方經學立場上的經學分期方法，家族色彩和主觀性太強，不能真正揭示經學。