(壹)公司治理結構體系不完善
在新經濟時代，公司治理結構的完善在國際範圍內越來越受到重視，這主要是由於新經濟對公司治理結構模式的創新提出了更高的要求。例如，問責機制要求公司最高權力機構董事會的職責明確，強調公開、公平、透明的原則，確保董事會對經理人員的有效監督，強化董事會的義務，建立和完善各種激勵和約束機制。
新經濟時代以來，雖然我國現代企業組織制度建設取得了可喜的成績，但我們應該看到，作為現代企業組織制度核心之壹的公司治理結構建設仍處於起步階段。許多公司治理結構扭曲，產權仍不清晰，市場效率低下，監督機制松懈，導致我國公司治理結構失靈。我國傳統的公司治理結構已經明顯跟不上新經濟的發展，具體體現在以下幾個方面:壹是董事會獨立性不強，責任有限。從大多數企業董事會的結構來看，董事會中相當壹部分席位被企業管理層占據，內部董事具有明顯的優勢和控制權，因此對管理層的監督就變成了對企業內部管理的監督。這也與新經濟時代明確董事會職責的要求相違背。第二，監事會的作用有限。董事會內部缺少壹些專門的機構，如董事會的財務審計委員會、薪酬和提名委員會等。在壹些企業中，雖然董事會下設投資委員會和審計委員會，但投資委員會很大程度上是壹個議事機構，審計委員會幾乎全部由內部人員組成，難以對公司高層進行有效監督。這與新經濟時代保證董事會對經理人的有效監督是相悖的。第三，對管理者的約束機制弱化。按照現代企業制度的要求，有效的公司治理結構就是要使公司的管理者形成強有力的約束機制，能夠使其行為最大限度地考慮股東的利益，同時當管理者在公司經營中表現不佳時，這種有效的公司治理結構要有完善的機制來更換不稱職的管理者。然而，中國的大多數公司治理結構仍然缺乏這種約束和替代機制。董事會和監事會在構成和職能上的上述問題，使得公司治理中的三個重要權力層級之間無法形成有效的約束關系。另外，目前國內還有很多公司總經理和董事長為同壹人或者董事長形同虛設，容易導致總經理權力過於集中，董事會和監事會形同虛設。
(二)企業經營機制不靈活
新經濟時代企業的特點是科技投入和經濟效益高，因此這壹時期企業的運行機制包括激勵約束機制、監督機制、要素導向機制和決策機制。新經濟時代要求的監督機制必須是有效的，反對壹切名義上的監督。人力資源和信息是新經濟時代企業運營的兩大要素。新經濟時代需要的人力資源應該是真正有才能、有創新精神的人，這是企業真正發展的關鍵。而且企業的信息流動渠道必須暢通，這是新經濟對企業要素導向機制的根本要求。決策機制要求建立和完善所有權與經營權分離的獨立決策機制，形成以總經理為核心的執行機構。新經濟對企業運行機制的上述要求，無疑對我國現行的企業運行機制提出了嚴峻的挑戰，主要表現為:
1.不完善動力機制的挑戰。目前，我國大多數企業，尤其是國有企業，都存在動力機制不完善的問題，主要表現在:用工制度不完善使得員工內在動力下降；分配制度不完善，阻礙了員工的內在動力；合理需求得不到落實，使員工內在動力下降；企業民主制度不完善，導致員工失去內在動力來源。這與新經濟要求充分調動員工的積極性，發揮員工的智慧和創造力是相違背的。
2.激勵機制不足的挑戰。由於大部分企業所有者、管理者和內部員工在各自的利益、各層次需求和目標上相互割裂，三者的出發點不壹致，帶來了很多問題:目前我國部分企業董事、監事持股比例明顯偏低，部分董事根本不持有企業股份。這種利益與經營脫鉤的機制對股東或投資者參與公司治理的激勵有限，很難保證企業管理者的決策與企業的利益能在很大程度上保持高度同步。目前我國企業管理者的部分薪酬和獎勵標準仍由政府制定，屬於間接管理。難以恰當地估計企業管理者的貢獻和貢獻，難以對管理者形成良好的激勵。而且企業的約束機制不健全，容易導致企業管理者容易被短期利益所誘導，忽視長期利益。此外，激勵機制不足無法提高員工的積極性，難以吸引和留住人才。
3.監督機制不完善的挑戰。雖然按規定在企業內部設立了監督機構，但監督不到位、力度不夠、制度不健全。內部紀檢和內部審計還處於事後檢查核實的狀態。有些企業的內部審計，由於某些原因，不僅沒有做好，而且沒有對如何搞好企業管理，提高經濟效益出謀劃策。這顯然與新經濟所要求的有效監管背道而馳。
4.要素導向機制不暢的挑戰。高科技人才的缺乏，企業家能力的缺乏，企業信息化建設缺乏良好的外部環境，都使得企業要素導向機制不暢。這與新經濟時代的高科技競爭是格格不入的。
5.不合理決策機制的挑戰。在傳統的企業組織制度框架下，企業歸政府所有，企業的經營者只有經營權，即政企職責不分，形成了所有權與經營權相分離的決策機制。此外，我國企業過於集中，無論是董事的選舉，還是企業各項事務的重大決策，第壹大股東都擁有絕對的控制權。與之相對應的是，第壹大股東操縱著公司所有與經營相關的事務。這種極不合理的組織結構不僅與新經濟時代要求的企業產權多元化背道而馳，而且極大地削弱了產權多元化和股東利益制衡機制。(三)企業內部組織管理體制面臨新的困難。
傳統企業組織管理的優勢是組織的生產力很高，可以用較低的成本實現批量生產。然而，隨著新經濟時代的到來，企業面臨的競爭環境發生了很大的變化。比如產品的生命周期越來越短，消費者越來越挑剔，企業面臨的競爭環境也在急劇惡化。這就要求企業在新經濟時代實施靈活高效的組織管理體系，即采用信息化管理、以消費者為中心的管理和柔性管理(用理念管理企業，用價值觀、行為準則和經營理念統壹員工的思想和行動)。顯然，傳統的企業組織和管理系統面臨著這些新要求的巨大挑戰，主要表現為:企業信息基礎設施落後；企業管理基礎薄弱，受內部阻力制約，信息管理不完善；人力資源管理制度不完善；企業文化建設存在很多問題。