南普陀寺坐北朝南，殿閣依山層層升高，層次分明。在整個布局中，均能以中軸線上的主殿為中心，高低俯仰相從，參差錯落有致。所有建築，壹律采用古代宮殿式的重檐飛脊大屋蓋，飾以杏黃琉瓦，使之統壹協調。其中最為獨特的建築大悲殿，為鬥拱結構的無梁殿，俗稱蜘蛛結網。
千年古剎，為後人留下許多文物古跡：五老峰前的摩崖石刻，鐫下古今許多名人的詩書佳作；西山門內，八方乾隆禦制的記功碑，更具有珍貴的歷史價值。寺中珍藏：有來自緬甸的白玉石雕大小佛像二十八尊；有與清初施瑯建寺同時新鑄的大鐘；有造於宋元時期的七佛寶塔；有明代比丘、比丘尼刺血書寫的《妙法蓮花經》和珍版的《大藏經》多部。
在中國佛教歷史上，廈門南普陀寺有其重要的地位，它是佛教在閩南壹帶的傳播基地。南普陀寺原屬臨濟喝雲派的子孫寺院。1924 年，改為十方選賢的叢林制。並於第二年，在寺內創辦閩南佛學院。從此，海內高僧相繼往來住錫傳經，十方佛子競相入院參道修學，壹時佛門稱盛，名聞中外。
1983年，廈門南普陀寺被國務院列為全國漢族地區佛教重點寺院。
南普陀寺現任方丈則悟大和尚，1974 年出生，浙江省瑞安人，畢業於閩南佛學院。
在南普陀寺大雄寶殿的石柱上有壹副對聯，對聯是這樣寫的："經始溯唐朝與開元而並古，普光被廈島對太武以增輝"，這清楚地說明，南普陀寺始建於唐朝，至今巳有1200多年的歷史了。據說，最初由唐代首先到廈門島上開發的金榜山下的陳氏族人，在五老峰山腰間施田五十二畝作為建寺院的院址而興建起來的。寺院座落在郁郁蔥蔥的五老峰間，面對著浩瀚的大海和郁郁蔥蔥的南太武山，真是風水寶地也。五代的時候，南普陀寺稱為泗洲院。宋代初年叫無盡巖。到了治平年間，也就是公元1064年，改為普照寺、普照院。大約在1341年的元朝年間被廢。1368年明洪武年間，由僧人覺光重新興建，不幸明末時又被戰火毀壞。清康熙二十三年，也就是公元1684年，靖海侯施瑯統壹臺灣以後，回到廈門重建此寺院。此寺院奉祀著觀音，又在觀音的原祀地-浙江的普陀山之南，所以稱為南普陀寺。這就是南普陀寺的由來、演變和興毀的歷史。
在中國佛教歷史上，廈門的南普陀寺有其重要的地位，它是佛教在閩南壹帶的傳播基地。南普陀的幾任住持，在中國佛學界都享有盛譽。1927年起任南普陀住持兼閩南佛學院院長的太虛法師，曾到南洋、歐美各國講學、傳道，影響很大。而且他提倡的佛教改革，團結教派，也很有成效，為佛教作出了極大貢獻，這也使南普陀寺的聲名在海內外廣為傳揚。
南普陀寺坐子向午，依山面海，全寺的整個建築，布局勻稱，結構嚴謹，富有民族風格，充分體現了我國勞動人民高超的建築藝術。站在遠處眺望，從無盡巖到五老峰山腰，在南北的中軸線上，天王殿、大雄寶殿、大悲殿、藏金閣四落建築層層托高，層次分明，俯仰相應。左右廂房、廡廊、鐘鼓樓對稱排列，回護著三殿，形成壹個整體，顯示出南普陀寺的雄偉壯觀的氣勢，有壹種佛法無邊的威嚴。
在南普陀寺院的門前，屹立著七座漢白玉的如來佛塔和兩座11層高的萬壽塔，塔前是放生池，盛夏季節，荷花盛開，藍天、白塔、綠葉、花海，展現出這裏是分外清凈高潔的佛門凈地。塔間的放生池，是專門為施主放生而設立的。放生，是我國歷史上的壹種風俗習慣，後來與佛教的"慈悲"、"不殺生"等教義相融合，進而衍變成壹種比較普遍的佛事活動。從佛教教義上看，佛教不該無辜殺生，應愛護眾生，眾生應當和睦相處，人類應該永久和平***處。提倡放生，反對殺生，也正是示意整個世界應成為壹個沒有戰爭、沒有苦難的和平樂園。
進入南普陀寺的大門，看到的第壹座殿閣就是天王殿。1981年，中國佛教協會會長趙樸初題寫的"天王殿"四個金色大字的匾額懸掛在正中。在"天王殿"裏彌勒佛正中盤坐，慈眉笑眼，耳垂雙肩，袒胸鼓腹，笑態可掬。彌勒佛的背後是威嚴的護法神韋馱。"天王殿"的兩側是四大天王，神態各異，栩栩如生。
在"天王殿"的殿後，對稱排列著鐘樓和鼓樓。這是1921年轉逢和尚任南普陀方丈時募建的。
奇妙的是南普陀寺寺後的五老峰有東西兩座山峰，有鐘鼓兩山，鐘山上有壹石頭，懸在峰頂，狀如古鐘，旁邊有壹石頭，似鐘錘橫架；在鼓山上，旁邊有兩塊大石頭如鼓槌並懸，作擊鼓之狀。鐘鼓山和鐘鼓樓，兩兩相對，奇趣天成，成為南普陀寺的天然標誌，是我國勞動人民把自然景觀和人文景觀對應成趣、和諧統壹的傑作。
南普陀寺的第二座殿閣是大雄寶殿，這是南普陀寺的主體中心，是1932年由當時的南普陀住持轉逢和尚重建。大雄寶殿前的石庭平展舒廣，正中寶鼎香爐巍立，兩側白石寶塔高聳，顯出廣庭崇殿的莊嚴肅穆。大雄寶殿是寺院僧眾早晚課誦和法會朝拜參修的殿堂，也是佛門鐘磐長鳴法燈不滅的心臟。主殿正中祀奉著"過去、現在、未來"三世尊佛：佛祖釋迦牟尼佛、藥師佛、阿彌陀佛。殿後則供奉著"西方三聖"：阿彌陀佛、觀音菩薩、大勢至菩薩。大雄寶殿的墻上，有"清影搖風"、"楚江秋吟"等傳統山水花鳥畫，以及"禪河沐浴"、"久年苦行"等佛教故事。整個大雄寶殿，綠瓦石柱，，雕梁畫棟，飛檐尾脊，輕巧靈動，古色古香，充滿了中國傳統建築的特點。尾脊上的剪瓷鑲嵌著九鯉化龍、鳳凰展翅、麒麟顯瑞等圖案，以及精巧純熟的石雕工藝，優良的閩南石材，又使大雄寶殿充滿了濃郁的閩南文化特色。
南普陀寺的第三座殿閣就是大悲殿，這座高20米的殿閣原建於明代，是木質結構，1928年因香火過盛而被燒毀。1930年太虛法師住持南普陀時重新修建。
1962年又進行了壹次大翻修，主體改用鋼筋水泥建造，又保持木構鬥拱作為裝飾。這座八角亭式的建築，金碧輝煌，與兩棵枝葉扶疏的菩提樹相伴為伍，體現了民族建築的獨特傳統風格，也表現出人們希冀觀音菩薩大慈大悲救苦救難的心願。三重飛檐，如龍騰空；彩繪裝飾，圖案優美。殿頂的剪瓷、嵌瓷、彩塑，有的象征吉祥如意的仙女駕鶴，麟鳳朝陽；有的象蛟龍吐珠，昂首欲飛。附屬的鬥拱雕畫人物、蓮花、走獸、飛鳥等等，都以朱紅為底，以綠、黃和金箔點綴，艷而不俗。殿內的穹形藻井，全部用木料鬥拱層層疊架而成，不需用壹枚鐵釘，造型巧妙，結構嚴謹，更是獨具特色。殿內祀奉四尊觀音菩薩，正面為雙手觀音，端坐在蓮花座上，神態文靜自若、和善可親。其余三面為48臂觀音。每支手臂掌中各雕壹小眼，手上各執神物，神器各不相同，姿態也各不壹樣，表現觀音有不同的渡眾悲願。
南普陀寺的最後壹座殿閣，就是兩層的藏經閣。這座藏經閣建於1936年，是壹個中西合璧的建築。上為歇山式屋頂，下為西洋式架構，重檐雙層閣樓。上層藏經，下層法堂。二樓有寬敞的天臺，三面臺廊護圍，依欄遠眺，巍峨的前三殿盡收眼底。仰首後顧，層峰疊翠，意境深邃。在下層的法堂，有明代虞亭的行書，以四副對聯來描繪四季的景色。春景：春風暖著千門柳，曉色睛開萬井煙。夏景：柏徑繞山松山暗，柴門臨水稻花香。秋景：雲間樹色千花滿，竹裏泉聲百道飛。冬景：醉歸花徑雲生履，樵罷松花雪滿蓑。這些對聯詩句都是書法藝術不可多得的珍寶。
在藏金閣的二樓，首先就會看到壹尊玉雕臥佛，是用緬甸白玉雕塑的釋迦牟尼的涅磐像，長四尺五寸，神態自若，姿態柔美，實為稀世珍寶。藏金閣內文物眾多，珍藏著中外佛典經書數萬卷，其中較為珍貴的有《磧砂藏經》、《明大藏經》，著名高僧弘壹法師手稿《佛說阿彌陀經》，明崇禎年間信徒和沙彌尼刺血寫成的《血書妙法蓮花真經》，日本1936年贈送的《日本大藏經》等等。除此之外，這裏還珍藏著許多年代久遠的珍貴文物，如宋朝的銅鐘、香爐、銅塔，明代藝術家何朝宗所制的白瓷觀音塑像，眉清目秀，秀麗端莊。可以說南普陀寺藏經閣內的無價之寶是不勝枚舉。
大凡到南普陀寺參觀遊覽的人，都會要到寺院後山看壹看那個鑲嵌在壹面大石頭上的大大的"佛"字，這是閩南寺院中最大的壹個字了，它高4米多，寬3米多，是清光緒三十壹年間，也就是公元1905年，由振慧所書。偌大的"佛"字，行筆豐滿圓潤，粗獷豪放，剛勁有力。在南普陀寺院內以及後山的五老峰前，都留下許多歷代的摩崖石刻和多塊碑記，主要有明太常寺卿林宗載的"飛泉"，清施瑯將軍的"為善最樂"，以及抗荷將軍沈有容等的題刻，南普陀寺史刻石和憨山大師的警世歌，都頗有價值。碑記有明崇禎十三年林宗載立的《田祖入寺記》，現在嵌在大雄寶殿左邊的廊壁上，值得壹讀。林宗載在寺記中還告誡後人不要砍伐樹木，亂采巖石，破壞山林，要保護名勝古跡。這塊碑記是壹篇重要的地方文獻，也是研究明末社會的難得的史料。
與南普陀寺相鄰的是閩南佛學院，閩南佛學院是是我國佛教高等教育的基地，幾乎與南普陀寺齊名，因而很有必要作壹介紹。1925年創辦的閩南佛學院，由當時的南普陀寺住持、中國佛教領袖太虛大師擔任第壹任院長。太虛大師把閩南佛學院作為改革中國僧侶教育的試驗園地，使之成為中外著名的佛教高等學府。到1937年抗日戰爭爆發，閩南佛學院才停辦。在這12年中，閩南佛學院畢業了200多人，不少人成為出色的佛教俊才，現在尚健在的當年的學僧，大都成為名山長老或佛學大師。改革開放的春風吹起，1985年閩南佛學院正式復辦，由中國佛教協會會長趙樸初重寫了佛學院院額，由南普陀寺住持妙湛大法師擔任院長。在妙湛院長主持下，閩南佛學院有了很大的發展，現在巳經成為全國僧侶教育的重點學院。閩南佛學院設有男女兩部，院內現有男女學僧近300人。在巳畢業的幾屆本科畢業生中，大多在全國各地的寺院擔任主持或執事，有的還到海外的寺院去弘法任職，大大擴大了閩南佛學院的影響。
南普陀寺的素齋獨具特色，素齋因南普陀寺而聞名，素齋又為南普陀寺吸引了更多的信眾和遊客，素齋變成了南普陀寺的壹寶。南普陀寺的素菜以其清純素雅的獨特風味馳名中外。廚師烹調制作嚴守素菜素料素做的工藝，革除素菜仿制葷腥模樣的傳統，以素菜素名而獨樹壹幟，既講究色、香、味，又講究形、神、器，壹道菜壹個雅名，神韻高雅，詩情畫意。南普陀的素菜中有"彩花迎賓"、"南海金蓮"、"絲雨菇雲"、"香泥藏珍"、"五老如意"、"雪映銀浪"、"梵宮玉笏"、"白璧青雲"、"白果香鹵"等等，紅黃藍綠，五彩繽紛。其中以"半月沈江"這道菜尤為有趣。1962年11月24日，當時的全國人大副委員長、著名的歷史學家、文學家、詩人郭沫若偕同夫人於立群來到南普陀參觀，並在南普陀品嘗素菜。郭老看過菜單，就把菜名排列起來，編成韻律詩句，邊吃邊打起拍子唱了起來，真可謂是興趣盎然。在端上當歸香菇冬筍面筋湯時，郭老看到那壹半香菇為黑色，壹半面筋為白色，宛如半輪明月沈入江底，欣然把這道菜命名為"半月沈江"，並在飯後題詩時把這道菜名嵌進詩句，郭老在詩中寫道："我自舟山來，普陀又普陀。天然林壑好，深憾題名多。半月沈江底，千峰入眼窩。三懷通大道，五老意如何？"從此，"半月沈江"這道素菜身價百倍，善做素菜的南普陀寺的廚師曾到新加坡、香港等地去作訪問表演，南普陀的素菜更是揚名中外，真是"勿道山家禪味淡，也知塵俗世情濃"。
南普陀寺以它金碧輝煌的殿閣、寬大威嚴的法堂、珍寶豐富的藏經閣、佛教高等教育的基地、品名優雅的素齋等等而聞名於世，在黨的宗教政策照耀下，千年古剎-南普陀必將會更加燦爛輝煌，更加盛名遠揚。