說起建蘭的水閣遺址，壹個字:旮旯。狹窄的校門藏在鼓樓消防中隊大樓的腋下，稍有不慎就不容易找到校門。園區裏，只有壹棟低矮的兩層教學樓，九間教室。每個教室的形狀都不壹樣，有長方形的，有平寬的，桌椅只能沿著它的形狀排列，或者四組七排，或者五組五排。剝光的紅樓有很多腐朽的地方，白蟻經常從這些腐朽的洞裏飛出來。學校條件很簡陋，沒有實驗室，沒有行政樓，沒有體育館，所謂的操場也只是壹塊半個排球場大小的水泥空地。三個等級只能分配到不同的時間段。晴天還好，雨天，由於園區沒有良好的排水設施，地面積水無法及時滲出，學生們只能站在狹窄的走廊裏望著“海洋”嘆息！從65438到0999，杭州市教育行政部門對中小學教育結構進行了壹次大調整，將所有初級中學從市直屬中學分離出來，下放到各區教育局。建蘭中學也不例外。從杭州市第二中學分離出來，由“杭州市第二初級中學民辦中學”改為“杭州市國有民辦建蘭中學”。首次接管民辦新世紀小學兩個班，擴大班數至11。
原本又小又舊的梅花北校區已經無法容納這麽多學生繼續正常教學，形勢的發展讓學校不得不選擇新的居住地。於是，杭州二中旁邊的建國第壹小學(杭州建國中路第壹小學)成了建蘭的第二校區。
建國第壹小學位於建國路郭子巷。曾是教會學校惠興中學舊址，現已列入杭州市文物保護範圍。這座兩層磚木結構的建築，青磚黛瓦，單色原木地板，飛檐，在周圍的現代建築中，顯示出它獨特的美麗與優雅。屋內時不時傳來的不堪忍受的噪音和打了補丁的地板，都在訴說著歲月的滄桑。2000年，新招收的8個班的大壹新生成為了這座古老卻不失優雅的建築的最新主人。
主教學樓的左邊和後面，分別是三層和兩層的兩棟樓，成為二年級和三年級的教室。這是當時建蘭中學郭子龍校區的全部校舍。教學樓前有壹個小操場。晴天是灰色的，雨天是泥濘的。下雨天，水久不退，地面坑坑窪窪。但這並不妨礙壹年級新生做習題時精神飽滿的整齊隊列。每次課間從教學樓三樓往下看，身穿藏青色、淺藍色漂亮校服的同學們都精神抖擻，隊形筆直，動作整齊，讓人感受到這美景帶來的興奮和清爽。但是，學校需要發展，校園需要擴建。國子農校區的主教學樓雖然是危房，但由於其前身是教會產權，不能拆除，校舍也不能裝修。進壹步擴招再次限制了建蘭的進壹步發展。求新發展，鳳起路校區——這裏是夢想開始的地方。
鳳起路校區，原為杭州教育學院校區，2001至2003年臨時租用於此。與杭州的中學相比，校園很大，入口有兩排高大的香樟樹，讓人感受到在壹個大學校園裏讀書的寧靜與祥和。校園裏花木扶疏，假山池塘，壹墻之隔的鳳起路車水馬龍。然而墻內的校園卻是壹個安靜的仿佛與世隔絕的世外桃源。
鳳起校區是學校歷史上的成長期。班級數從16增加到31，教師人數從52人增加到78人。而且壹口氣從杭師大招聘了20多名品學兼優的新教師，為這支傳統而年輕的隊伍註入了青春活力，各項工作蒸蒸日上。在鳳起校區的兩年，不僅壯大了師生隊伍，更重要的是學校的思想成熟了。尤其是2003年經歷了最可怕的杭城非典事件後，這支隊伍在災難中學會了冷靜、勇敢、堅強、團結、互助、友愛。災難沒有摧毀建蘭，反而凝聚了人心，聚集了人氣，學校的名聲也逐漸從杭州中學傳到了杭州全市，甚至更遠的省市。梁園雖好，但始終是他的另壹套房子。鳳起校區兩年的校園生活，在建蘭學校的歷史上畫上了濃墨重彩的壹筆。但是，主人已經把土地賣給別人了，棲息地不能再留了。最重要的是，作為壹所得到大力支持、在社會上享有越來越大聲譽的上城區國有民辦學校，學校仍然像吉普賽人壹樣在大篷車裏四處遊蕩。2003年，為實現資源整合，打造上城區教育優質品牌，原杭州五中停辦，富寧巷58號教學樓劃歸建蘭中學。
占地35畝，應該是杭州市區不算小的學校。
學校於2003年7月遷入福寧巷校區後，先後投資近千萬元，積極改造校園，完善教育教學設施，為師生創造優良的教育學習環境。所有教室都配備了多媒體投影儀和實物展架，建成了寬敞明亮的學生閱覽室(含電子閱覽室)，改建了學校電視臺和多功能報告廳，配備了先進的電教設備，改善了藏書設施，為藏書增加創造了條件(藏書近5萬冊)；教師的辦公條件有了很大改善。每位老師都配備了筆記本電腦。學校校園網也升級為電信寬帶接入，配備了部門服務器和光纖連接網絡，為教師充分利用網絡資源，運用現代教育技術開展教學提供了物質和技術支持。學校托管原杭州開元中學，成立建蘭中學分校(開元校區)。
標誌著學校從壹所國有民辦中學發展成為壹所享有盛譽的教育集團。福寧巷校區占地35畝，總投資3億多元。現在是杭州最大的初中校區。重建後的建蘭中學是壹所先進的現代化學校，教室寬敞明亮。教室配有開放式書包、高品質電子多功能白板、液晶電視、直飲水系統等。每個教室都配有壹個多功能房間和壹個實驗臺。在建造過程中，使用了最好的環保建材，將原本設計的普通木板改成了澳洲進口的綠色環保掛毯，價格貴了很多倍。建設內容包括教學樓、綜合樓、行政樓、風雨操場、食堂、地下停車場等。
新學校的設計規模為36個班，1.800名學生(根據相關數據，2009年3月為34個班)。新的建蘭中學將按照國際標準建造。據該校袁校長介紹，學校可能采用“壹大壹小”的教室設計。大教室有小教室，大教室的面積可能是90-120平米。
2011年9月，新福寧鄉校區正式揭牌。10左右，學校三個年級都將正式入駐新校區。數據巷校區
福寧巷校區原教學樓建於上世紀六七十年代，校舍陳舊，與學校成為具有國際水準的現代化學校的目標相去甚遠。
2009年下半年，學校啟動改擴建工程。改擴建期間，學校過渡期兩年(2009年9月至2011)，分別安排學生在杭州師範大學原大數據巷校區(解放路香溢樓後)和開元校區(建蘭中學分校)就讀。
過渡期內，學校暫停面向社會招生，只招收上城區8所國有民辦小學直升班(時代小學、天地小學、新世紀外國語學校、崇文實驗學校)，取消寄宿制班。但全市仍有64個流動名額招收優秀生和特長生。勝利小學、崇文實驗學校部分學生將按照就近入學的原則進入建蘭中學分校(開元校區)。辦學理念
學校的宗旨是“面向全體學生，促進學生發展”。學校大力打造品牌，逐步形成了“以人為本”，倡導“不忽視高品質，促進學生可持續發展”的辦學理念。以科學、民主、規範的人本管理，形成了國內外開放、多元發展、合作創新的教育格局，走出了壹條具有鮮明時代特色的素質教育之路，關註學生的生命發展，為社會提供優質教育服務。