元朝是蒙古人建立，可以說是中國歷史上第1個由少數民族建立的大壹統王朝。成吉思汗為元朝的建立奠定了各方面的基礎。成吉思汗並不看重儒家文化，而是看重具有其他宗教文化背景的知識分子，不少儒家知識分子在元朝的政府機構內部只能做壹些低級的幕僚。元朝的統治階層都是遊牧民族，出身決定了其文化基礎、知識背景很差，讓他們打天下還可以，讓他們治理國家那就比較難了。他們認識不到儒家文化對於中華民族尤其是其主體漢族的重要性。
忽必烈執政初期繼承了成吉思汗的那壹套做法，在他執政的前期尤其看重宗教文化對中國的思想統治作用。忽必烈親自接見了100多位基督教的長老，他把基督教、道教、回教都看作高於儒家文化的更為重要的思想武器。為了更好的加強思想控制，他在全國設立了管理宗教文化的核心機構宣政院。忽必烈尤其看重佛教思想對全國人民的思想控制作用，他直接任命佛教宗師巴思八等人為帝師。
元朝蒙古統治者抵制儒家文化就是想用其他的宗教文化，尤其是佛教文化來取代儒家文化對漢族的統治作用，進壹步同化整個漢族，讓漢族徹底低頭，服從蒙古人的統治。但蒙古人的這項政策是極其失敗的，他們沒有認識到儒家文化對漢族人民千百年來的思想意識熏陶，這種文化根植是根深蒂固的，難以短時間之內改變的。仁義禮智信這些傳統的儒家思想觀念已經深入到了每壹個漢族人的壹言壹行之中。蒙古人為了抵制儒家文化的傳播，竟然把已經傳承了四五百年的科舉考試給停止了。元朝的高級官員都是蒙古人和色目人，儒家知識分子永遠沒有出頭之日，漢族成為了社會最底層的被壓迫人民。
蒙古人這些倒行逆施的文化政策激起了漢族人民的激烈反抗，民族矛盾和社會矛盾空前激化。忽必烈不得不在之元朝開國之後的第42年重新恢復了科舉考試，大量提拔選舉儒家知識分子充當元朝的高級官員，不得不提升儒家思想作為王朝的統治思想。忽必烈是元朝歷史上第1個認識到儒家傳統文化對加強中央集權和君主專制起到重要作用的皇帝，他也是第1個被漢化的蒙古族皇帝。