四合院歷史悠久，早在3000年前。
在中國西周以前，就有完整的四合院。陜西省岐山縣鳳雛村周元遺址出土的金良四合院建築遺存，是中國已知最早、最有序的四合院。
漢代的四合院建築得到了更新和發展。四合院受風水理論影響，從選址到布局都有壹整套陰陽五行觀。到了唐代，四合院繼承了漢代和宋元，前窄後窄。
但古代盛行的四合院是廊院，即以院中軸線為主體建築，四周有回廊，或者左右有房屋，而不是四面有房屋。唐朝後期出現了帶回廊的四合院，逐漸取代了回廊。宋代以後，回廊逐漸減少，明清時期逐漸消失。
元明清時期，四合院逐漸成熟。元世祖忽必烈“對老城居民說，京城太舊，住在高位(富人)和占位(在朝廷供職)者為先，定制八畝地為壹分”，分給去大都市建房的富商和官員，由此開始了北京傳統四合院大規模形成的時期。公元65438年至20世紀70年代初，北京後營房胡同出土的元代四合院遺址可視為北京四合院的雛形。明清以後，逐漸形成了北京獨特的四合院建築風格。
建國後，北京的很多四合院都變成了雜院。改革開放後，隨著城市改造的發展，許多傳統四合院被拆除，如1998的康有為新嶽東閣、2000年的趙故居、2004年的蒙段胡同45號清代郭縣行宮、2005年的曹雪芹故居、2006年的唐紹欽故居等。同時，部分四合院被納入北京及各區縣的保護院落。
在古代，四合院基本上滿足了家庭生活的需要。當時有兩個入口的四合院和較大的四合院通常是官僚和士紳的住宅。在現代，壹方面是給排水、供暖等衛生設施。沒有進過四合院，已經變成大院子的四合院也沒有不斷完善，滿足汽車、空調等設備的需求。
另壹方面，像四世同堂這樣的大家庭也很少見。富裕家庭通常願意在交通便利的郊區購買別墅，而不是住在人口密度高的市區。所以四合院作為民居是否還有價值，也是近代以來有爭議的問題。
隨著舊城保護的開展，原有的四合院被改造。例如，在1990中，清華大學教授吳主持了北京菊兒胡同四合院的改建工程。在保留四合院結構的基礎上，將原來四合院的平房改成樓房，增加了廚房、衛生間等設施。
改造項目獲得了聯合國世界人居獎。在北京南池子的重建過程中，壹些四合院被改成了兩層，並修建了地下車庫。2006年，北京出版了《北京四合院建築要素圖》，作為四合院保護、修繕、更新、改造的參考。