馬悅涵杯現行賽制是從1997建立到1998。起初只有三個大項:團體賽、越野賽、田徑賽；1998-1999學年包含14大項目；從1999到2000年，本學年舉辦了24項體育賽事和3項表演賽事。經過十余年的發展，本屆馬杯的賽事包括近40個奧運項目、民族傳統體育項目和休閑體育項目。
清華大學團體賽要以“馬悅涵杯”為龍頭，以競賽為主線，以單項體育協會設置的項目和體育課程為主要競賽內容，以新生運動會、馬拉松越野賽、研究生運動會的設置原則為支撐，形成全年競賽機制。清華大學有專門的馬悅涵杯學生運動會競賽委員會，由主任、副主任、秘書長、副秘書長和委員組成。此外，還特別聘請了清華大學體育部主任作為顧問，為比賽提供專業指導。
根據實際情況，馬悅涵杯單項由體育總會獨立承辦，部門獨立承辦，體育總會和部門共同承辦；馬悅涵杯新生運動會、田徑賽、團體賽由競賽委員會成員共同組織。自2000年起，馬悅涵杯越野賽和馬拉松賽成為北京國際馬拉松賽的比賽項目。目前，清華大學註冊的單項體育協會有29個；學校32個系的學生有體育系；學校的團委、學生會、研究生會也都有主管體育的部門。這些各級體育組織齊心協力，為馬悅涵杯新生運動會的順利開展獻計獻策。