1資金不足，修復困難。
由於鄉鎮經濟發展水平受到壹定限制，政府部門儲備資金不足，水利工程建設資金不足，水利建設改造項目實施受到很大阻礙，質量問題往往因管護階段資金不足而無法及時修復。比如亂挖溝渠，開墾河堤，使得水利工程殘缺不全，但由於政府資金不足，很難及時處理此類問題。
2施工環境差
施工環境差主要體現在施工單位政策辦理困難，工作量巨大，民眾出於自身利益而減緩項目實施進程，土石方供應數量和質量不能滿足項目需求。
部分工程實體質量有待提高。
由於壹些項目保證了完善的質量管理體系，再加上施工技術的滯後。
後來從業者缺乏強烈的質量意識，使得工程實體質量存在很多潛在問題。
同時，在日常施工管理過程中，經常會出現返工和整改問題。
更有甚者，部分項目達不到驗收要求。
有些項目缺乏完善的質量管理體系。
這方面的投資多為小型水利工程，缺乏項目建設管理經驗的村委會往往是項目建設單位；近年來，監理市場發展過快，從業人員素質差異較大；此外，施工單位項目管理人員不能全面落實“三檢制”，設備不齊全，導致部分工程質量保證體系不完善。
現在鄉鎮小型水利工程的構築物主要有農田中的中溝、大溝、小溝等設施。但各大設施的產品規格、布局、運營手段各不相同，增加了項目管理的難度。此外，村管、鄉管、聯戶管等組織也沒有明確界定其相應的權利，導致水利建設的管理秩序更加復雜。
大部分項目都延長了建設時間，不能按時完工。
雖然施工單位會提前編制和批準施工進度和計劃，但在施工中往往不能嚴格按照計劃部署組織施工，導致壹旦實際情況與計劃有出入，不能及時通過相應手段調整工期，使合同工期的存在只是壹個擺設。工程不能按時完工，不僅增加了所有承包單位的管理費用，也延誤了發揮工程效益的時間，增加了大量防洪抗臺風的任務。
6 .管理不到位，不按規定操作。
由於缺乏管理政策，壹些水利工程建設過程中的違規操作問題得不到及時解決。比如鄉鎮小型水利工程，具有分布散、範圍廣、數量大的特點。調查中發現橋涵損壞，水井被填，是水利施工方案不當造成的，但最主要的是工程管理不及時。
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