首先，官學教育逐漸有名無實。雖然形式上仍然存在，但各級學校中，除了初等教育和部分私學進行正常教學外，其余學校特別是官學已經徒具虛名，甚至很少從事教學活動。
其次，教育內容不切實用。學校教育的重點在八股文的寫作和科舉考試上，而忽視了對實際有用的學問的教授。同時，由於科舉制度的腐敗，考試中常常出現偏題和怪題，導致學子們學習的知識無法完全發揮出來。
此外，清朝頑固守舊，大興文字獄，對學生和知識分子實行高壓政策，導致學術思想受到封建專制的束縛。這使得清朝的教育制度與前期相比並無實質性的改變，反而加深了教育的困境。
總的來說，這些困境反映了當時政治、經濟的腐敗和衰弱。