壹，早期中西醫學差異的形成
在中西醫形成的早期，兩種醫學受到不同學術思想的影響。中醫吸收了周易、道家、儒家的哲學思想，特別是元氣說、陰陽說、五行說，並將其轉化為醫學倫理學，在此基礎上闡述和認識人體生理病理現象和規律。西醫吸收了古希臘的元素論和原子論，並將其轉化為醫學理論，在此基礎上我們可以理解和闡明人體的生理病理現象和規律。由於這壹時期的科技水平相對落後，人們無法突破整體，進行微觀或局部的研究，所以醫學也註重整體研究和臨床研究。但即使在這個時候，中西醫整體觀的內涵仍然是不同的。
中醫以元氣學說為基礎，強調整體的分化及其決定的不可分解性。壹方面，人與客觀環境是統壹的、不可分割的，人是自然之氣演化的產物，從而提出了天人相應、五運六氣、六淫外生等理論。另壹方面，人體本身是完整的、不可分解的，人體的內部結構和功能是從壹個混亂的、不可分割的整體中分化出來的。人類的完整性具有原始的和與生俱來的性質。中醫從這種整體性來理解人體生理病理，從而提出藏象、經絡等理論。
西醫以元素論和原子論為基礎，認為整體是結合的，也是可分的。壹方面，人被理解為元素或原子的組合，但並不被視為自然宇宙分裂的產物，也不認為人與環境之間存在母子關系；另壹方面，我們從組合的觀點來理解整個人類，認為人體是可分解的。因此，解剖、分解、還原成為其必然的研究途徑，從而為現代西醫的分解還原研究奠定了基礎。
第二，中西醫學差異的擴大
從公元5世紀到17世紀，中國處於封建社會的鼎盛時期，中國的科學技術蓬勃發展。與此同時，在社會政治和經濟的推動下，中醫得到了全面發展。中醫理論沿著《內經》和《傷寒論》開辟的道路，進壹步貫徹和發揮了以元氣學說為核心的思想觀點，進壹步豐富和發展了以陰陽、五行、藏象、經絡學說為核心的理論體系，辨證論治體系日趨成熟，脈象、病因、病機、證候、針灸理論日益健全。逐步建立了較為系統的中醫理論體系，形成了樸素的系統思維，正式形成了中醫的學術特色。
此時，以歐洲為代表的西方進入了政教合壹時期，思想文化領域受到教會的嚴格控制和禁錮，哲學和科學成為宗教神學的婢女。西方醫學開始背棄古希臘羅馬的唯物主義傳統，否定元素論和原子論，走上宗教神學的道路。
這壹時期，東西方的分歧從唯物論內部的元氣論與元素論、原子論的分歧，轉變為唯物論與唯心論的分歧，元氣論與神創論的分歧。這兩種藥物之間的差異進壹步擴大了。
第三，現代中西醫差異的加深
17世紀以來，歐洲的文藝復興運動和科技革命解放了人們的思想，復興了古希臘的唯物主義，給人們提供了新的思想武器。在這種思想的影響下，西方醫學發生了巨大的變化，發展了還原論的研究，形成了醫學還原論。打破了古代研究局限於整體層面，開始分解人體，深入到局部和微觀；打破了古代研究方法中直觀、模糊、思辨方法的局限，開始應用分解方法、還原方法、實驗方法和數學方法；突破了古代單純依靠臨床經驗總結的局限，走上了實驗研究的道路，從經驗醫學階段走向了實驗醫學階段。
同時，中國社會動蕩，沒有出現歐洲那樣的文藝復興或科技革命。不用說，這種社會環境給中醫的發展帶來了困難和障礙。此時西醫逐漸傳入中國，在中國形成了中西醫並存的局面。
第四，中西思維方式的差異
目前普遍認為西醫的思維方式是還原論思維，中醫的思維方式是系統思維。為了更好的理解中西醫的區別，我們來看看兩種思維模式的區別。
1.對世界起源的不同理解。中國傳統的系統思維認為，世界的物質本原是壹個混沌不可分割的統壹體。從周易的“太極”，道家的“道”“壹”，儒家的“太壹”，到袁琪學說的“袁琪”，都認為世界是壹個混沌不可分割的統壹體，世界和萬物都是由這個混沌不可分割的統壹體產生的。而西方原子論認為整體是由部分組成的，復雜的高層次是由簡單的低層次組成的，最後是由最小的“原子”和“元素”作為本原組成的。
2.機理不壹樣。中國傳統的系統思維認為，世界和事物是“分化”的，是由混沌不可分割的統壹體形成的。《易傳》曰:“易有太極，生二儀，二儀生四象，四象生八卦，將定吉兇。”老子說:“道生壹，生二，生三，生萬物。”明確無誤地揭示了壹種與西方原子論完全相反的世界觀。而西方原子論認為整體是由部分組成的，復雜的高層次是由簡單的低層次組成的，最後是由最小的“原子”和“元素”作為本原組成的。
3.對事物整體性的不同理解。中國傳統的系統思維認為，世界和事物的本原是壹個統壹體，事物從本原起就是不可分解的，它們中的壹部分總是作為整體的壹部分而存在，不可分解性是事物整體性的本質。人的群體和特點決定了他們的可分解性。西方原子論的“組合”觀認為，人的整體可以被分割成部分，然後每個部分又被分解成更小的部分，直到分解成它原來的——“原子”。
4.運動的來源不壹樣。與強調原子不可分、不存在內在矛盾的西方原子論相反，中國傳統系統論認為事物運動的動力源泉在本源之內，內在矛盾決定事物的運動變化，是“剛柔相磨、八卦相蕩”、“陰陽交生”，從而形成了事物的內生矛盾運動和千變萬化。
5.還原的概念不壹樣。“還原”的本質是從“回歸”到“還原”來認識或解釋事物或現象。西醫實行還原論的“實體”觀，按照原子論，要從“回歸”到“原子”來認識它們。按照中國的系統論，需要從“歸”到“混沌未分的統壹”來理解，“整體”是對起源的終極解釋。
總之，在中國傳統系統思維的指導下，中醫形成了現有的中醫系統觀，包括整體觀、聯系觀、穩態觀和自組織觀。同時形成了其獨特的系統方法:整體觀指導下的全身調節、聯系觀指導下的矛盾調節、穩態觀指導下的機能調節等。這些都是中醫的魅力所在。從這裏也可以看出，中西醫之間存在著巨大的差異，應用西醫的思維模式去研究和解釋中醫的問題，必然會遇到困難。
動詞 （verb的縮寫）中西醫現狀
近代以來，隨著西學東漸的進程，西方的醫學思想和醫學模式也傳入中國。由於西醫在治療技術上的便利，人們在醫療實踐中很容易接受西醫的治療方法。但是，正是這種實用主義和“全盤西化”徹底否定了中醫和中國傳統文化，用西醫的醫學模式來解讀中醫，比較兩者的優劣，是這個時代中醫研究的重要特征。
由於近代西學東漸“全盤西化”的理性做法，目前幾乎所有的中醫研究都是以西方的思維方式、概念、範疇和科學模式為基礎，以西方化的方式來估計中醫的思維方式、概念、範疇和科學模式。所以脫離了自己在中國的文化基礎，成為了西醫和西醫對中醫理論的異化。很多研究表明，用我們熟悉和習慣的西醫的思維去研究中醫，只能導致相反的結果。
比如國內外對經絡的研究都進行了很大的投入，當然也取得了壹些成果，但至今無法揭示其本質內涵。問題的關鍵在於人們試圖套用西醫的思維模式來研究中醫的問題，即把經絡的本質歸結為解剖形式，或者在解剖的基礎上闡明其本質，因此很難有所突破。因為從某種意義上來說，子午是壹個文學概念。拋開中國的文化背景和中國傳統的思維方式，從現代科學入手，很難找到經絡的本質。西醫沿襲了古希臘哲學中“原子論”的傳統，凡事都要從物質實體去分析，才能找到事物最基本的單位。中醫遵循“元氣說”的傳統，認為事物的本源是“氣”。“氣”是物質、能量和信息的統壹。氣不是壹種物質實體，而是壹種關系現實。經絡是氣的通道。如果用西醫的“原子論”來研究，試圖找到“氣”和“經絡”的物質實體和結構，可能永遠也實現不了。經絡是以氣的運動為基礎的，經絡是氣的存在。按照西方人的思維方式，如果有這樣的“結構”，那壹定是“物質結構”，而且是可以通過實驗和測量發現的。但按照中國傳統的思維方式，“結構”不壹定是“物質結構”，更多的是“關系結構”，“物質”不壹定是物質實體，更可能是關系實體。子午線是壹個關系結構和現實。它絕對不是已知的物質結構，比如神經、血管、肌肉，而更有可能是神經、血管、肌肉、體液的壹種關系結構，它使人體內的許多物質結構的關系結合起來，逼真起來，融為壹體。
從這個例子中，我們可以清楚地看到中西醫兩種思維方式的巨大差異，也可以看出，套用西醫的思維方式、觀念、方法、模式來研究和解釋中醫，必然會遇到困難。今天，隨著對西方科學文化中壹系列誤區的深入了解，中醫在醫療實踐中特殊的、基礎的療效得到肯定，中醫逐漸受到重視。但是對中醫的肯定還停留在經驗主義的層面。人們總是用西醫的觀點和思維方式來衡量中醫，這必然會導致對中醫的誤解，應用西醫的思維方式來研究中醫也必然會遇到困難，甚至得出錯誤的結論。目前中醫領域這種學習中醫的方式會對中醫的發展起到什麽作用？這大概應該是我們都應該反思的問題。
總之，中西醫的思維方式是有本質區別的。僅僅用西醫的思維方式和方法來衡量中醫是不可行的。中醫現代化既要借鑒現代文明，又要兼顧自身特點。這大概是我們學習中醫要註意的問題。同時，要用辯證的眼光看待中醫藥的現狀，了解中醫藥的獨特魅力，深入發掘和發展中醫藥，使中醫藥為當今人類健康做出更好的貢獻。